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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xlj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Csy4-crRNA complex, hexagonal form | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / ENDORIBONUCLEASE / CRISPR (CRISPR) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Haurwitz, R.E. / Jinek, M. / Wiedenheft, B. / Zhou, K. / Doudna, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: Sequence- and Structure-Specific RNA Processing by a Crispr Endonuclease. 著者: Haurwitz, R.E. / Jinek, M. / Wiedenheft, B. / Zhou, K. / Doudna, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xlj.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xlj.ent.gz | 80 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xlj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/2xlj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21866.002 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / プラスミド: PHMGWA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) / 参照: UniProt: A3KUJ4, UniProt: Q02MM2*PLUS | ||
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#2: RNA鎖 | 分子量: 5097.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 2-DEOXY MODIFICATION AT G20 / 由来: (合成) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||
#3: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | THE SEQUENCE GSFT AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE DOWNSTREAM SEQUENCE ...THE SEQUENCE GSFT AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM THE EXPRESSION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: 150 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 17% (W/V) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11159 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→19.6 Å / Num. obs: 7798 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 61.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XLI 解像度: 2.6→19.625 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 2 / 位相誤差: 36.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.886 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.625 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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