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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xld | |||||||||
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タイトル | Cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans: Ferrous R124Q variant | |||||||||
![]() | CYTOCHROME C' | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / HAEMOPROTEIN / 4-HELIX BUNDLE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hough, M.A. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Distal-to-Proximal No Conversion in Hemoproteins: The Role of the Proximal Pocket. 著者: Hough, M.A. / Antonyuk, S.V. / Barbieri, S. / Rustage, N. / Mckay, A.L. / Servid, A.E. / Eady, R.R. / Andrew, C.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 792.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 793.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xl6C ![]() 2xl8C ![]() 2xleC ![]() 2xlhC ![]() 2xlmC ![]() 2xloC ![]() 2xlvC ![]() 2xlwC ![]() 2xm0C ![]() 2xm4C ![]() 2xl5 ![]() 2xlx C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13602.377 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | R124Q MUTATION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→45 Å / Num. obs: 31045 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 84.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.836 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.68 Å
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拘束条件 |
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