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- PDB-2xk0: Solution structure of the Tudor domain from Drosophila Polycombli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xk0
タイトルSolution structure of the Tudor domain from Drosophila Polycomblike (Pcl)
要素POLYCOMB PROTEIN PCL
キーワードTRANSCRIPTION / AROMATIC CAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36me3 reader activity / ventral cord development / polytene chromosome / Set1C/COMPASS complex / histone H3K4me3 reader activity / anterior/posterior axis specification / chromatin organization / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / microtubule binding ...histone H3K36me3 reader activity / ventral cord development / polytene chromosome / Set1C/COMPASS complex / histone H3K4me3 reader activity / anterior/posterior axis specification / chromatin organization / regulation of gene expression / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polycomb-like MTF2 factor 2, C-terminal domain / Spp1/CFP1 / Polycomb-like MTF2 factor 2 / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...Polycomb-like MTF2 factor 2, C-terminal domain / Spp1/CFP1 / Polycomb-like MTF2 factor 2 / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein Pcl
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / CYANA
データ登録者Friberg, A. / Oddone, A. / Klymenko, T. / Mueller, J. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Structure of an Atypical Tudor Domain in the Drosophila Polycomblike Protein
著者: Friberg, A. / Oddone, A. / Klymenko, T. / Mueller, J. / Sattler, M.
履歴
登録2010年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYCOMB PROTEIN PCL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5881
ポリマ－7,5881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 POLYCOMB PROTEIN PCL / POLYCOMBLIKE PROTEIN


分子量: 7588.437 Da / 分子数: 1 / 断片: TUDOR DOMAIN, RESIDUES 339-404 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q24459
配列の詳細THE FIRST THREE RESIDUES (GAM) IS A CLONING ARTIFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CA)CB
131CBCA(CO)NH
141(H)CC(CO)NH-TOCSY
151H(CC)(CO) NH-TOCSY
161H(C)CH-TOCSY
171(HB)CB(CG
181CD)HD
191(HB)CB(CG
1101CD
1111CE)HE
11211H-15N HSQC- NOESY
11311H-13C HMQC-NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM / pH: 6.3 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker6002
Bruker7503
Bruker9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
精密化手法: CYANA / ソフトェア番号: 1 / 詳細: ADDITIONALLY WATER-REFINED
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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