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- PDB-2xi1: Crystal structure of the HIV-1 Nef sequenced from a patient's sample -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xi1
タイトルCrystal structure of the HIV-1 Nef sequenced from a patient's sample
要素(NEF) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / AIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / virion component => GO:0044423 / suppression by virus of host autophagy / host cell Golgi membrane / : / SH3 domain binding / GTP binding / host cell plasma membrane ...symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / virion component => GO:0044423 / suppression by virus of host autophagy / host cell Golgi membrane / : / SH3 domain binding / GTP binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yadav, G.P. / Singh, P. / Gupta, S. / Tripathi, A.K. / Tripathi, R.K. / Ramachandran, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: A Novel Dimer-Tetramer Transition Captured by the Crystal Structure of the HIV-1 Nef.
著者: Singh, P. / Yadav, G.P. / Gupta, S. / Tripathi, A.K. / Ramachandran, R. / Tripathi, R.K.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月23日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEF
B: NEF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2252
ポリマ－47,2252
非ポリマー00
水00
1
A: NEF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6131
ポリマ－23,6131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NEF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6131
ポリマ－23,6131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.030, 123.030, 130.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 NEF / HIV-1 NEF


分子量: 23612.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (BH5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
解説: PATIENT SAMPLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6KEI3
#2: タンパク質 NEF / HIV-1 NEF


分子量: 23612.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (BH5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
解説: PATIENT SAMPLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C6KEI3
配列の詳細GENBANK ACCESSION NUMBER GQ184340 CORRESPONDS TO THE SEQUENCE OF NEF FROM THE PATIENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: VARIMAX-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→29.9 Å / Num. obs: 7262 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 56.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.5→29.551 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: 1-75 AND 152-178 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 331 4.6 %
Rwork0.2239 --
obs0.2268 7239 92.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.873 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1681 0 0 0 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3932372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.225608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-4.40750.28941560.2193280X-RAY DIFFRACTION91
4.4075-29.55190.28671750.22733628X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.9128 Å / Origin y: 40.169 Å / Origin z: 10.8204 Å
111213212223313233
T0.106 Å2-0.0405 Å2-0.0282 Å2-0.1779 Å20.0557 Å2--0.1009 Å2
L0.9383 °20.3268 °20.0565 °2-1.1059 °20.022 °2--0.749 °2
S0.0649 Å °-0.328 Å °-0.1363 Å °0.3199 Å °-0.179 Å °0.0845 Å °0.086 Å °-0.0703 Å °-0.2082 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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