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万見
- PDB-2xhs: Crystal structure of the ligand binding domain of Fushi tarazu fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xhs
タイトルCrystal structure of the ligand binding domain of Fushi tarazu factor 1 of Drosophila melanogaster.
要素
  • NUCLEAR HORMONE RECEPTOR FTZ-F1
  • SEGMENTATION PROTEIN FUSHI TARAZU
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


pupation / instar larval or pupal development / juvenile hormone mediated signaling pathway / periodic partitioning by pair rule gene / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to ecdysone / gonadal mesoderm development / pupariation / imaginal disc-derived leg morphogenesis ...pupation / instar larval or pupal development / juvenile hormone mediated signaling pathway / periodic partitioning by pair rule gene / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to ecdysone / gonadal mesoderm development / pupariation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / regulation of development, heterochronic / mushroom body development / metamorphosis / segmentation / cell death / tissue development / germ cell migration / dendrite morphogenesis / cell fate specification / anterior/posterior pattern specification / neuron remodeling / lipid homeostasis / transcription factor binding / hormone-mediated signaling pathway / response to hormone / central nervous system development / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fushi tarazu, N-terminal / Fushi tarazu (FTZ), N-terminal region / Nuclear hormone receptor family 5 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...Fushi tarazu, N-terminal / Fushi tarazu (FTZ), N-terminal region / Nuclear hormone receptor family 5 / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Segmentation protein fushi tarazu / Nuclear hormone receptor FTZ-F1
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yoo, J.H. / Cho, H.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Fushi Tarazu Factor 1 Ligand Binding Domain/Fushi Tarazu Peptide Complex Identifies New Class of Nuclear Receptors.
著者: Yoo, J. / Ko, S. / Kim, H. / Sampson, H. / Yun, J.H. / Choe, K.M. / Chang, I. / Arrowsmith, C.H. / Krause, H.M. / Cho, H.S. / Lee, W.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年7月20日ID: 2IZ2
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Database references
改定 1.22018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEAR HORMONE RECEPTOR FTZ-F1
B: SEGMENTATION PROTEIN FUSHI TARAZU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7932
ポリマ－29,7932
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.931, 97.931, 123.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NUCLEAR HORMONE RECEPTOR FTZ-F1 / FTZ-F1 ALPHA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 5 GROUP A MEMBER 3 / NR5A3


分子量: 28804.346 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 791-1027 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P33244
#2: タンパク質・ペプチド SEGMENTATION PROTEIN FUSHI TARAZU


分子量: 989.148 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 107-115 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02835
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.3M SODIUM CITRATE TRI-BASIC, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.97939
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 25725 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→18.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 11.591 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITION. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 875 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 16400 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 0 0 3 2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.962795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2765247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37225104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.76815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.291511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.21453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2880.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.51247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23322011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1483823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2384.5784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 62 -
Rwork0.37 1173 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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