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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xgg | ||||||
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タイトル | Structure of Toxoplasma gondii Micronemal Protein 2 A_I Domain | ||||||
![]() | MICRONEME PROTEIN 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / MICRONEME / MIC2 / A/I DOMAIN / CELL ADHESION | ||||||
機能・相同性 | von Willebrand factor, type A domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tonkin, M.L. / Grujic, O. / Pearce, M. / Crawford, J. / Boulanger, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Micronemal Protein 2 (Mic2) A/I Domain from Toxoplasma Gondii. 著者: Tonkin, M.L. / Grujic, O. / Pearce, M. / Crawford, J. / Boulanger, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19309.014 Da / 分子数: 2 / 断片: VWA INTEGRIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 26-174 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 27% PEG3350, 0.1M HEPES 7.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→24.84 Å / Num. obs: 20754 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.69 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 10.82 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.05→24.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.173 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED BASED ON OVERLAYS WITH THE ALTERNATE CHAIN AND STEREOCHEMISTRY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.097 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.84 Å
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拘束条件 |
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