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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xga | ||||||
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タイトル | MTSL spin-labelled Shigella Flexneri Spa15 | ||||||
![]() | SURFACE PRESENTATION OF ANTIGENS PROTEIN SPAK | ||||||
![]() | CHAPERONE / VIRULENCE FACTOR | ||||||
機能・相同性 | Surface presentation of antigens protein SpaK / Invasion protein B family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-MTN / Surface presentation of antigens protein SpaK![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lillington, J.E.D. / Johnson, S. / Lea, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Shigella Flexneri Spa15 Crystal Structure Verified in Solution by Double Electron Electron Resonance. 著者: Lillington, J.E.D. / Lovett, J.E. / Johnson, S. / Roversi, P. / Timmel, C.R. / Lea, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ry9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.497819, -0.002596, -0.867277), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17297.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MTSL SPIN LABEL BOUND TO C19 由来: (組換発現) ![]() 株: M90T / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 100 MM GUANIDINIUM CHLORIDE, 100 MM MES PH 6.0, 50 MM AMMONIUM SULPHATE, 5% ETHYLENE GLYCOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→51.38 Å / Num. obs: 19266 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RY9 解像度: 2.3→51.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.907 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.956 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.38 Å
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拘束条件 |
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