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- PDB-2xga: MTSL spin-labelled Shigella Flexneri Spa15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xga
タイトルMTSL spin-labelled Shigella Flexneri Spa15
要素SURFACE PRESENTATION OF ANTIGENS PROTEIN SPAK
キーワードCHAPERONE / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性Surface presentation of antigens protein SpaK / Invasion protein B family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Chem-MTN / Surface presentation of antigens protein SpaK
機能・相同性情報
生物種SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lillington, J.E.D. / Johnson, S. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Shigella Flexneri Spa15 Crystal Structure Verified in Solution by Double Electron Electron Resonance.
著者: Lillington, J.E.D. / Lovett, J.E. / Johnson, S. / Roversi, P. / Timmel, C.R. / Lea, S.M.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SURFACE PRESENTATION OF ANTIGENS PROTEIN SPAK
B: SURFACE PRESENTATION OF ANTIGENS PROTEIN SPAK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1244
ポリマ－34,5952
非ポリマー5292
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-9.5 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.980, 50.380, 57.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.497819, -0.002596, -0.867277), (-0.019924, -0.999766, -0.008444), (-0.867052, 0.021483, -0.497754)
ベクター: 29.145, 49.772, 49.621)

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要素

#1: タンパク質 SURFACE PRESENTATION OF ANTIGENS PROTEIN SPAK / SPA15 / CLASS 1B TYPE III SECRETION SYSTEM CHAPERONE SPA15


分子量: 17297.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MTSL SPIN LABEL BOUND TO C19
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: M90T / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834-DE3 / 参照: UniProt: P35530
#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 100 MM GUANIDINIUM CHLORIDE, 100 MM MES PH 6.0, 50 MM AMMONIUM SULPHATE, 5% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.38 Å / Num. obs: 19266 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0050精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RY9

1ry9


解像度: 2.3→51.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.907 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26375 650 5.1 %RANDOM
Rwork0.22369 ---
obs0.22574 12036 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20.53 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 24 80 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2841.9782889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89633299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.995255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09525.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97115362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.338158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2810.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0120.22116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 51 -
Rwork0.386 869 -
obs--99.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2354-1.4331-0.25342.10120.07850.4504-0.08380.2148-0.1235-0.01690.02280.1253-0.0399-0.00810.0610.122-0.01130.00940.0935-0.00840.094235.45328.126-2.004
21.63550.6801-1.76611.209-1.75983.65140.1122-0.14870.09570.10810.01410.0699-0.05980.1935-0.12630.1192-0.0070.0050.09470.00350.144648.21420.70820.652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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