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- PDB-2xfx: cattle MHC class I N01301 presenting an 11mer from Theileria parva -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xfx
タイトルcattle MHC class I N01301 presenting an 11mer from Theileria parva
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • MHC CLASS 1
  • UNCHARACTERIZED PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY / EAST COAST FEVER / THEILERIOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / phagocytic vesicle membrane / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class 1 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
THEILERIA PARVA (東沿岸熱タイレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Macdonald, I.K. / Harkiolaki, M. / Hunt, L. / Morrison, W.I. / Connelley, T. / Graham, S.P. / Jones, E.Y. / Flower, D.R. / Ellis, S.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Mhc Class I Bound to an Immunodominant Theileria Parva Epitope Demonstrates Unconventional Presentation to T Cell Receptors.
著者: Macdonald, I.K. / Harkiolaki, M. / Hunt, L. / Connelley, T. / Carroll, A.V. / Machugh, N.D. / Graham, S.P. / Jones, E.Y. / Morrison, W.I. / Flower, D.R. / Ellis, S.A.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS 1
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2703
ポリマ－45,2703
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.611, 97.888, 123.717
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC CLASS 1 / N01301


分子量: 32251.480 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MHC CLASS I ALPHA CHAIN / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 株: BRITISH FRIESIAN CATTLE / プラスミド: POPIN-I / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTABLUE (DE3) / 参照: UniProt: Q30291
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / LACTOLLIN


分子量: 11724.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 株: BRITISH FRIESIAN CATTLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTABLUE (DE3) / 参照: UniProt: P01888
#3: タンパク質・ペプチド UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量: 1294.558 Da / 分子数: 1 / 断片: 214-224 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THEILERIA PARVA (東沿岸熱タイレリア)
参照: UniProt: Q4MYJ2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% PEG 8000, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 44056 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0070精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AGF

1agf


解像度: 1.9→45.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.667 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 2207 5.1 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1998 41373 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3192 0 0 149 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0213282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9474450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.033.0025568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6665384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12323.352182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12715546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.581533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 159 -
Rwork0.311 3042 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49820.1841-0.58050.88540.1322.35970.05130.010.03590.2245-0.03790.00610.08920.0034-0.01340.14240.0059-0.00910.0135-0.01960.057877.021439.038430.1836
20.55610.14070.74990.58231.22073.1165-0.0031-0.0666-0.0723-0.1886-0.00870.045-0.36430.05740.01180.1339-0.01290.01370.1103-0.00250.049978.584361.25432.9747
30.714-0.15360.28360.21460.2881.0068-0.03970.0499-0.037-0.022-0.0215-0.0027-0.1256-0.11370.06120.05780.0243-0.00510.0701-0.01860.106672.719740.81493.7307
42.8356-0.9062-1.67611.26510.95051.1702-0.1725-0.1393-0.0724-0.00930.1360.00890.06510.10720.03640.0780.01950.00660.0970.00450.082473.40436.0306-4.7008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2A181 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4C8 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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