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万見
- PDB-2xfm: Complex structure of the MIWI Paz domain bound to methylated sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xfm
タイトルComplex structure of the MIWI Paz domain bound to methylated single stranded RNA
要素
  • 5'-R(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*UP*(OMU)P)-3'
  • PIWI-LIKE PROTEIN 1
キーワードRNA/PROTEIN / RNA-PROTEIN COMPLEX / DIFFERENTIATION / RNA INTERFERENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / primary piRNA processing / piRNA binding / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body ...mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / primary piRNA processing / piRNA binding / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / piRNA processing / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...GAGE / GAGE protein / GAGE / paz domain / paz domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Beta Complex / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Piwi-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Simon, B. / Kirkpatrick, J.P. / Eckhardt, S. / Sehr, P. / Andrade-Navarro, M.A. / Pillai, R.S. / Carlomagno, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Recognition of 2'-O-Methylated 3'-End of Pirna by the Paz Domain of a Piwi Protein.
著者: Simon, B. / Kirkpatrick, J.P. / Eckhardt, S. / Reuter, M. / Rocha, E.A. / Andrade-Navarro, M.A. / Sehr, P. / Pillai, R.S. / Carlomagno, T.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIWI-LIKE PROTEIN 1
B: 5'-R(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*UP*(OMU)P)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1422
ポリマ－20,1422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PIWI-LIKE PROTEIN 1 / MIWI


分子量: 17641.062 Da / 分子数: 1 / 断片: PAZ-DOMAIN, RESIDUES 276-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JMB7
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*CP*CP*GP*AP*CP*UP*(OMU)P)-3' / PIRNA


分子量: 2500.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BASED ON BIOLOGICAL SEQUENCE / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE RESONANCE
121NOESY
131EDITED -FILTERED
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.8 / 圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
NMRView構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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