PDB-2xfl: Induced-fit and allosteric effects upon polyene binding revealed ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xfl

タイトル

Induced-fit and allosteric effects upon polyene binding revealed by crystal structures of the Dynemicin thioesterase

要素

DYNE7

キーワード

HYDROLASE / POLYKETIDE BIOSYNTHESIS / ENEDIYNE / HOT-DOG FOLD

機能・相同性

Thioesterase-like superfamily / thiolester hydrolase activity / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / DynE7

機能・相同性情報

生物種

MICROMONOSPORA CHERSINA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Liew, C.W. / Sharff, A. / Kotaka, M. / Kong, R. / Sun, H. / Bricogne, G. / Liang, Z. / Lescar, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Induced-Fit Upon Ligand Binding Revealed by Crystal Structures of the Hot-Dog Fold Thioesterase in Dynemicin Biosynthesis.
著者: Liew, C.W. / Sharff, A. / Kotaka, M. / Kong, R. / Sun, H. / Qureshi, I. / Bricogne, G. / Liang, Z. / Lescar, J.

履歴

登録	2010年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xfl.cif.gz	448.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xfl.ent.gz	373.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xfl_validation.pdf.gz	488.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xfl_full_validation.pdf.gz	514 KB	表示
XML形式データ	2xfl_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	2xfl_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/2xfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xemC 2w3xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t07-d 5vpj-1 3ol8-4 7kqz-d 3n9y-2 7kq6-1 5kl9-d 3ol7-3 5vpj-2 3gqc-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DYNE7

B: DYNE7

C: DYNE7

D: DYNE7

E: DYNE7

F: DYNE7

G: DYNE7

H: DYNE7

127 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DYNE7

B: DYNE7

C: DYNE7

D: DYNE7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: DYNE7

F: DYNE7

G: DYNE7

H: DYNE7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.110, 179.127, 64.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DYNE7 分子量: 15880.040 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 3-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MICROMONOSPORA CHERSINA (バクテリア) プラスミド: PCDF-2 LIC/EK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84HI7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.072
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 27578 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 66.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.9→9.2 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W3X

2w3x

解像度: 2.9→24.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8857 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.392
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2459	1367	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1963	-	-	-
obs	0.1988	27544	98.56 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7414 Å²	0 Å²	-13.7331 Å²
2-	-	-6.1327 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.874 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.394 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8717	0	0	160	8877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8947	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.97	12163	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2971	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		184	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1429	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8947	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6.19
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.22
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1079	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		9238	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.01 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2806	122	4.22 %
R_work	0.2027	2771	-
all	0.2061	2893	-
obs	-	-	98.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9848	1.4943	0.2192	4.0433	-1.0022	3.6204	-0.1477	0.3179	0.0972	-0.3308	-0.0249	0.0614	-0.2882	0.1165	0.1725	-0.1486	0.0112	-0.1558	-0.2162	-0.0097	-0.0291	17.6609	-6.2043	-4.2658
2	3.1343	0.007	1.3277	3.5469	0.5233	3.3024	-0.0413	-0.2685	0.0909	-0.1441	0.0683	0.4415	-0.1297	-0.3674	-0.027	-0.2203	0.0148	-0.1882	-0.1868	-0.0148	0.0718	5.4673	-29.3593	-8.375
3	3.5405	1.0896	1.6597	4.3922	1.2987	4.4268	0.0925	-0.2646	-0.2322	0.4374	-0.0515	-0.2294	0.1356	-0.3041	-0.0409	-0.169	-0.1611	-0.1823	-0.1838	0.0928	-0.0806	23.8213	-15.7694	14.5238
4	2.206	0.4553	0.9868	5.2434	0.4595	2.5157	0.179	0.1704	-0.0822	0.0804	-0.0203	-0.8067	0.1683	0.3277	-0.1587	-0.2838	-0.0338	-0.2167	-0.2059	0.0618	0.2315	25.1802	-37.3877	-1.1212
5	1.7527	-1.4059	2.0898	4.9888	-1.2248	5.5474	-0.0839	0.0566	0.0895	0.5256	-0.0126	-0.2714	-0.3741	0.5613	0.0965	-0.0721	-0.1576	-0.2849	-0.2676	0.0443	-0.0674	2.4041	16.0352	31.746
6	4.3716	0.7853	0.6724	3.4713	-1.035	2.8105	0.133	0.2085	-0.1363	0.027	-0.0111	0.0392	0.2071	-0.3321	-0.1219	-0.1922	0.0037	-0.2152	-0.2163	0.0054	0.0696	-11.912	6.4131	18.0953
7	2.3714	-0.9354	0.461	4.6807	-0.4788	3.9197	-0.0987	-0.2321	-0.1219	0.857	0.021	0.0775	-0.1958	-0.3336	0.0777	0.062	-0.0693	-0.1962	-0.3273	-0.0324	-0.1023	-11.0511	37.9516	25.2018
8	0.9441	-0.5919	2.0199	5.0884	-1.7838	3.5904	0.1604	0.196	-0.1991	-0.3154	-0.089	-0.1203	0.2696	0.4833	-0.0714	-0.1328	0.1047	-0.2178	-0.2275	-0.1054	-0.0037	-8.887	29.3463	4.3647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)