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万見
- PDB-2xfd: vCBM60 in complex with cellobiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xfd
タイトルvCBM60 in complex with cellobiose
要素CARBOHYDRATE BINDING MODULE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性Carbohydrate binding module, xylan-binding domain / Ca-dependent carbohydrate-binding module xylan-binding / Lipoxygenase-1 - #40 / Lipoxygenase-1 / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / beta-cellobiose / Carbohydrate binding module
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D.P. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. / Turkenburg, J.P. ...Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D.P. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Circular Permutation Provides an Evolutionary Link between Two Families of Calcium-Dependent Carbohydrate Binding Modules.
著者: Montanier, C. / Flint, J.E. / Bolam, D.N. / Xie, H. / Liu, Z. / Rogowski, A. / Weiner, D.P. / Ratnaparkhe, S. / Nurizzo, D. / Roberts, S.M. / Turkenburg, J.P. / Davies, G.J. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references / Non-polymer description ...Database references / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4595
ポリマ－11,9451
非ポリマー5154
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.610, 41.990, 80.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING MODULE / VCBM60


分子量: 11944.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENVIRONMENTAL ISOLATE / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: D7GNB4
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 2.4 M SODIUM MALONATE, 10 MM CELLOTRIOSE, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9798
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→40.04 Å / Num. obs: 30656 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.19→1.22 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO-VCBM60

解像度: 1.19→40.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.76 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14795 1630 5 %RANDOM
Rwork0.11699 ---
obs0.11854 30656 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→40.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数816 0 31 172 1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.9211188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82831688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03925.47642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.34215125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.114155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1071.5540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0271.5236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9252872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9573308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2514.5288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.01631598
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.5263174
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.40831582
LS精密化 シェル解像度: 1.19→1.221 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.165 119 -
Rwork0.143 2246 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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