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- PDB-2xf5: Crystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xf5
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis SPP1 phage gp23.1, a putative chaperone.
要素GP23.1
キーワードVIRAL PROTEIN / CHAPERONE
機能・相同性Arc Repressor Mutant, subunit A - #1530 / : / SPP1 phage GP23.1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence
機能・相同性情報
生物種BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Spp1 Phage Gp23.1, A Putative Chaperone.
著者: Veesler, D. / Blangy, S. / Lichiere, J. / Ortiz-Lombardia, M. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP23.1
B: GP23.1
C: GP23.1
D: GP23.1
E: GP23.1
F: GP23.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1836
ポリマ－35,1836
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-47.9 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.737, 66.465, 82.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GP23.1


分子量: 5863.895 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-51 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ) / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS IQ PLYSS / 参照: UniProt: O48468
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 24 TO MSE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 23 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 24 TO MSE
Has protein modificationY
配列の詳細DOUBLE MUTANT USED FOR PHASING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.6 M NA-CITRATE PH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.86 Å / Num. obs: 20318 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.9.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9498 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1974 728 3.58 %RANDOM
Rwork0.1691 ---
obs0.1701 20315 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8369 Å20 Å20 Å2
2---10.3266 Å20 Å2
3---6.4897 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.248 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 0 137 2472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0152399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.43261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d789SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes73HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes338HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2399HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion289SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2893SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 112 3.86 %
Rwork0.1805 2792 -
all0.1813 2904 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5169-0.4093-0.89493.08371.22415.1149-0.0101-0.06020.05010.0103-0.01560.111-0.21890.06690.0257-0.1334-0.00180.01340.269-0.0223-0.148518.534877.6824-16.4756
22.70062.2989-0.21321.729-1.30242.81790.0354-0.1485-0.26870.05880.0943-0.0853-0.00110.1747-0.1297-0.2534-0.02430.00690.3018-0.0238-0.229728.9977.2344-18.3762
32.8255-2.9104-0.46272.0611-2.85953.7537-0.1792-0.4398-0.00330.37910.046-0.0191-0.12790.41380.1332-0.0642-0.05140.00560.2736-0.0281-0.222621.956378.2149-10.4557
41.5264-0.8241-0.77266.38731.74024.92370.006-0.2021-0.02210.0675-0.00010.118-0.2316-0.0682-0.0059-0.1628-0.01780.01370.258-0.02-0.13797.25772.8915-36.9291
52.19580.1002-1.50044.5592-2.20243.0477-0.07750.110.0969-0.08310.08520.12960.0127-0.19-0.0076-0.1857-0.0064-0.04560.279-0.0364-0.1887-0.027271.4739-44.578
60.9836-0.64650.30272.6866-0.4351.124-0.0170.3517-0.18220.00560.0409-0.11350.074-0.0524-0.0238-0.13-0.0477-0.00190.2057-0.0308-0.132610.965770.4463-42.0944
71.6786-0.73860.47940.8058-0.25383.77340.09360.1742-0.135-0.1272-0.1135-0.06-0.1325-0.02320.0199-0.14040.0361-0.00990.2189-0.0008-0.17216.034778.6723-9.7441
81.56151.6026-0.79433.0193-2.85920.0250.0089-0.0212-0.0372-0.2575-0.0127-0.1097-0.1003-0.05470.0038-0.04560.01380.02020.2840.0263-0.181813.42180.3409-1.9652
97.7011-0.433-1.63452.2674-2.91045.49850.0401-0.0845-0.4101-0.02380.0195-0.0403-0.1725-0.3408-0.0596-0.08990.0366-0.00160.2448-0.0084-0.19682.669279.312-3.5541
104.22971.04490.47491.07541.87152.8254-0.04790.202-0.0438-0.0068-0.1393-0.1109-0.04930.28170.1872-0.08330.0383-0.01570.24530.0068-0.1407-5.626976.1057-16.5216
110.27252.8631-0.25081.60842.30973.2704-0.053-0.07960.08310.0523-0.0037-0.0775-0.1121-0.3110.0567-0.09870.0263-0.00280.2376-0.0014-0.1267-9.180878.7536-6.8516
124.37262.36171.26610-0.18975.3357-0.0340.1649-0.03630.0791-0.02840.030.2056-0.48160.0623-0.1430.00740.01660.2418-0.0025-0.1881-12.717775.7909-16.7905
135.2251-2.4309-0.4264.63771.36034.0144-0.10380.1365-0.18730.0971-0.13370.0279-0.1380.08580.2374-0.16720.01790.03440.2298-0.0301-0.1517-4.687673.9177-30.2258
140.5952.8191.74370.46061.21784.6169-0.0216-0.0647-0.43830.17470.0010.1651-0.0597-0.1820.0206-0.30080.0225-0.00040.2779-0.089-0.0267-15.197773.5595-28.1153
151.36682.733-1.23764.1624-0.5913.9867-0.19710.1715-0.4177-0.4274-0.14780.05540.0849-0.39590.3449-0.133-0.0146-0.00390.2698-0.0609-0.1895-8.071171.7241-35.9527
162.03941.3263-0.80114.4872.86635.5071-0.0747-0.14980.1640.07950.14440.0474-0.04770.4017-0.0696-0.186-0.0459-0.00210.2295-0.0463-0.158519.172274.6218-29.7924
172.112-0.39080.86453.6072-0.031.4834-0.0092-0.0342-0.0603-0.36660.2316-0.1804-0.1260.3174-0.2223-0.1515-0.05860.02340.2729-0.0552-0.152722.484672.2667-39.7389
185.57410.636-0.06575.05752.83955.1216-0.04960.07270.06060.11980.4879-0.30030.05270.5442-0.4383-0.304-0.0733-0.01190.2927-0.1508-0.29226.246374.3627-29.602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A:2-18)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A:19-32)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A:33-50)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B:2-18)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B:19-32)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B:33-51)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C:2-18)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C:19-32)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAINC:33-50)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN D:3-18)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN D:19-32)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN D:33-50)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN E:2-18)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN E:19-32)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN E:33-50)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN F:2-18)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN F:19-32)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN F:33-50)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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