PDB-2xed: Nocardia farcinica maleate cis-trans isomerase C194S mutant with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xed

タイトル

Nocardia farcinica maleate cis-trans isomerase C194S mutant with a covalently bound succinylcysteine intermediate

要素

PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / NICOTINIC ACID CATABOLISM / COFACTOR-INDEPENDENT CIS-TRANS ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

maleate isomerase / maleate isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

NOCARDIA FARCINICA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Fisch, F. / Martinez-Fleites, C. / Baudendistel, N. / Hauer, B. / Turkenburg, J.P. / Hart, S. / Bruce, N.C. / Grogan, G.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: A Covalent Succinylcysteine-Like Intermediate in the Enzyme-Catalyzed Transformation of Maleate to Fumarate by Maleate Isomerase.
著者: Fisch, F. / Fleites, C.M. / Delenne, M. / Baudendistel, N. / Hauer, B. / Turkenburg, J.P. / Hart, S. / Bruce, N.C. / Grogan, G.

履歴

登録	2010年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年6月9日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xed.cif.gz	382.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xed.ent.gz	315.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xed.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xed	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xecSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oax-1 3sh9-1 2q7i-d 6y73-1 3ipy-1 1jcj-2 4g6v-2 4okx-d 4m7t-d 2d1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

B: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

C: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

D: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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2

B: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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3

C: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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4

D: PUTATIVE MALEATE ISOMERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.980, 85.670, 239.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PUTATIVE MALEATE ISOMERASE 分子量: 28826.975 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: COVALENT LINK BETWEEN CYS76 AND SUCCINYL LIKE INTERMEDIATE 由来: (組換発現) NOCARDIA FARCINICA (バクテリア) / 株: IFM 10152 / 解説: NOCARDIA FARCINICA GENOME PROJECT / プラスミド: PET-YSBLIC3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA2 (DE3) / 参照: UniProt: Q5YXQ1, maleate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 194 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 194 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 194 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 194 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 194 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 194 TO ALA
非ポリマーの詳細	SUCCINYL-LIKE COVALENT INTERMEDIATE (SIN): COVALENTLY LINKED TO CYS76
配列の詳細	C194A

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 20 MM NH4 FORMATE 100 MM MES PH 6.5 20% PEG 3350 50 MM NA MALEATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→52.98 Å / Num. obs: 80183 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XEC

2xec

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 9.723 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25957	3997	5 %	RANDOM
R_work	0.22214	-	-	-
obs	0.22402	75994	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.907 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7289	0	32	635	7956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.987	10144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.824	5	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.945	22.986	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.127	15	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.115	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.465	1.5	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.845	2	7905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.634	3	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.581	4.5	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	303	-
R_work	0.304	5494	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8091	-0.2109	0.5528	1.7452	0.0162	1.5502	0.0035	0.2466	-0.1636	-0.0538	-0.0599	0.193	-0.0224	-0.0119	0.0564	0.01	-0.0128	0.0203	0.123	-0.076	0.1348	3.8606	1.3111	35.3164
2	1.6752	-0.3284	-0.6214	2.4985	0.7706	2.2221	-0.1109	-0.0942	0.0834	0.1926	0.0889	-0.2199	0.366	-0.053	0.022	0.1501	-0.0248	-0.0307	0.0845	-0.0277	0.0599	-17.4595	-34.8741	25.3897
3	2.2067	0.6518	1.1253	1.3233	0.9294	3.1439	0.0563	-0.1835	-0.1075	-0.155	-0.1034	-0.0647	-0.1477	-0.0345	0.0471	0.1739	0.0666	0.022	0.1026	0.0187	0.0506	15.4957	4.9972	4.2852
4	1.7726	-0.2656	0.8424	1.6058	-0.3415	3.5311	-0.0573	-0.2685	-0.2237	0.4107	0.0906	0.0119	0.5451	0.0903	-0.0333	0.2851	0.0507	0.0294	0.0877	0.0099	0.0678	18.5355	-5.4516	63.8209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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