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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xea | ||||||
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タイトル | 4.6 ANGSTROM CRYO-EM RECONSTRUCTION OF TOBACCO MOSAIC VIRUS FROM IMAGES RECORDED AT 300 KEV ON A 4KX4K CCD CAMERA | ||||||
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![]() | VIRUS / SINGLE PARTICLE PROCESSING | ||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / RNA / Capsid protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
![]() | Clare, D.K. / Orlova, E.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 4.6A Cryo-EM reconstruction of tobacco mosaic virus from images recorded at 300 keV on a 4k x 4k CCD camera. 著者: Daniel K Clare / Elena V Orlova / ![]() 要旨: Tobacco mosaic virus (TMV) is a plant virus with a highly ordered organisation and has been described in three different structural states: As stacked disks without RNA (X-ray crystallography), as a ...Tobacco mosaic virus (TMV) is a plant virus with a highly ordered organisation and has been described in three different structural states: As stacked disks without RNA (X-ray crystallography), as a helical form with RNA (X-ray fibre diffraction) and as a second distinct helical form with RNA (cryo-EM). Here we present a structural analysis of TMV as a test object to assess the quality of cryo-EM images recorded at 300 keV on a CCD camera. The 4.6A TMV structure obtained is consistent with the previous cryo-EM structure and confirms that there is a second helical form of TMV. The structure here also shows that with a similar number of TMV segments an equivalent resolution can be achieved with a 4k CCD camera at 300 keV. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1010.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 49
2 |
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3 | ![]()
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 1.408 Å / Rotation per n subunits: 22.032 °) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17505.426 Da / 分子数: 1 / 断片: CP, RESIDUES 2-159 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TOBACCO MOSAIC VIRUS / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS-HCL, 50 MM KCL, 10 MM MGCL2 / pH: 7.4 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 50 MM KCL, 10 MM MGCL2 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2009年2月1日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 90000 X / 倍率(補正後): 121000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.3 mm |
試料ホルダ | 温度: 78 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 104 |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE WAS FULLY CTF CORRECTED | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 4.6 Å / 粒子像の数: 5300 / ピクセルサイズ(公称値): 1.24 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.24 Å 倍率補正: THE VIRUS DIFFRACTION PATTERN WAS USED TO CALIBRATE THE MICROSCOPE MAGNIFICATION 詳細: BPRP WAS USED TO RECONSTRUCT THE 3D VOLUME THE PDB 2OM3 WAS DOCKED INTO THE CRYO-EM DENSITY USING CHIMERA. SOME SIDE CHAIN RESIDUES AND THE INNER LOOP OF THE CP WERE REMODELLED USING COOT. ...詳細: BPRP WAS USED TO RECONSTRUCT THE 3D VOLUME THE PDB 2OM3 WAS DOCKED INTO THE CRYO-EM DENSITY USING CHIMERA. SOME SIDE CHAIN RESIDUES AND THE INNER LOOP OF THE CP WERE REMODELLED USING COOT. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1730 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--RIGID BODY, REAL SPACE REFINEMENT PROTOCOL--CRYO-EM | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2XEA Accession code: 2XEA / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.6 Å
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