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- PDB-2xe4: Structure of Oligopeptidase B from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xe4
タイトルStructure of Oligopeptidase B from Leishmania major
要素
  • ANTIPAIN
  • OLIGOPEPTIDASE B
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / PROTEASE INHIBITOR TRYPANOSOMES / CLAN SC
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antipain / S-1,2-PROPANEDIOL / R-1,2-PROPANEDIOL / PHOSPHATE ION / : / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
ACTINOBACTERIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者McLuskey, K. / Paterson, N.G. / Bland, N.D. / Mottram, J.C. / Isaacs, N.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Leishmania Major Oligopeptidase B Gives Insight Into the Enzymatic Properties of a Trypanosomatid Virulence Factor.
著者: Mcluskey, K. / Paterson, N.G. / Bland, N.D. / Isaacs, N.W. / Mottram, J.C.
履歴
登録2010年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32013年8月7日Group: Other
改定 2.02019年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_caveat / database_PDB_rev ...database_PDB_caveat / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_biol / struct_conn
Item: _diffrn.ambient_temp / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn.ambient_temp / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OLIGOPEPTIDASE B
B: ANTIPAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,97370
ポリマ－85,8512
非ポリマー5,12268
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.478, 142.776, 208.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OLIGOPEPTIDASE B / FAMILY S9A-LIKE PROTEIN / SERINE PEPTIDASE


分子量: 85244.297 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN / プラスミド: PBP218 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(PLYS) / 参照: UniProt: Q4QHU7, EC: 3.4.21.83
#2: タンパク質・ペプチド ANTIPAIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 606.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Acts as a reversible inhibitor of serine/cysteine proteases and some trypsin-like serine proteases.
由来: (天然) ACTINOBACTERIA (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00664, Antipain

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非ポリマー , 7種, 789分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物...
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ANTIPAIN HYDROCHLORIDE IS A REVERSIBLE INHIBITOR OF SERINE/CYSTEINE PROTEASES AND SOME TRYPSIN-LIKE ...ANTIPAIN HYDROCHLORIDE IS A REVERSIBLE INHIBITOR OF SERINE/CYSTEINE PROTEASES AND SOME TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASES. ITS ACTION RESEMBLES LEUPEPTIN; HOWEVER, ITS PLASMIN INHIBITION IS LESS AND ITS CATHEPSIN A INHIBITION IS MORE THAN THAT OBSERVED WITH LEUPEPTIN. IT IS AN INHIBITOR OF TRYPSIN-LIKE PROTEASES (E.G. TRYPSIN, PAPAIN, CATHEPSIN B); CATHEPSIN A, A CARBOXYPEPTIDASE IS INHIBITED TOO, WHICH IS NOT TRUE FOR OTHER INHIBITORS FROM ACTINOMYCES.THE NAME IS DERIVED FROM ANTI-PAPAIN. GROUP: 1 NAME: ANTIPAIN CHAIN: B COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 4 DESCRIPTION: ANTIPAIN FORMS A COVALENT LINKAGE BETWEEN THE ARGINAL RESIDUE OF THE INHIBITOR AND SER RESIDUE OF THE PROTEIN.THE PROTEASE INHIBITOR ANTIPAIN INCREASES THE EFFECTIVENESSOF UV IRRADIATION ON CESSATION OF RESPIRATION AND CELL KILLING IN ESCHERICHIA COLI B/R CULTURES WITHOUT AFFECTING EXCISION OF PYRIMIDINE DIMERS. THE ACTIONS ARE SIMILAR TO THOSE CAUSED BY CYCLIC AMP IN IRRADIATED CULTURES. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 25 TO LEU
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細CHLORINE ION (CL): NA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.2
詳細: PROTEIN WAS DIALYZED INTO 50 MM TRIS, PH 8.0 AND INCUBATED WITH 10 MM ANTIPAIN FOR 30 MINS. THIS WAS MIXED IN A 1:1 RATIO WITH 25% 1,2 PROPANEDIOL, 10% GLYCEROL, 5 % PEG300 AND 0.1 M PHOSPHATE CITRATE, PH 4.2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU MICROMAX-00711.541
シンクロトロンESRF BM1421.005
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2008年6月10日MIRRORS
MARRESEARCH2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.5411
21.0051
反射解像度: 1.65→32 Å / Num. obs: 167772 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→117.851 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.558 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-9 AND 731 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 8321 5.08 %RANDOM
Rwork0.1403 ---
obs0.142 167169 98.007 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.673 Å20 Å20 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3----0.963 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→117.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 326 721 6856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0226627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3531.9828977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6615819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73823.738305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5321546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2090.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.23318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0650.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8331.53852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.11826311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.79432775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.5124.52648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.90336627
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 605 -
Rwork0.293 11787 -
obs--98.914 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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