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万見
- PDB-2xe2: Molecular insights into clinically isolated OmpC20 mutants and th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xe2
タイトルMolecular insights into clinically isolated OmpC20 mutants and their role in multi-drug resistance
要素OUTER MEMBRANE PORIN C
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE / Porin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bamford, V.A. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Altered Antibiotic Transport in Ompc Mutants Isolated from a Series of Clinical Strains of Multi-Drug Resistant E. Coli.
著者: Lou, H. / Chen, M. / Black, S.S. / Bushell, S.R. / Ceccarelli, M. / Mach, T. / Beis, K. / Low, A.S. / Bamford, V.A. / Booth, I.R. / Bayley, H. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年5月19日ID: 2IXW
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PORIN C
B: OUTER MEMBRANE PORIN C
C: OUTER MEMBRANE PORIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4666
ポリマ－114,8473
非ポリマー6193
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-54.2 kcal/mol
Surface area40970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.023, 74.198, 133.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PORIN C / OUTER MEMBRANE PROTEIN C / OMPC


分子量: 38282.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O6 / 解説: O6 UROPATHOGENIC STRAIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K597
#2: 化合物 ChemComp-OES / N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE


分子量: 206.345 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS IS FROM A CLINICAL ISOLATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.77 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→110 Å / Num. obs: 33821 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0060精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XE1

2xe1


解像度: 2.5→109.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 24.367 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.108 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25651 1788 5 %RANDOM
Rwork0.21676 ---
obs0.21873 33821 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å20.23 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→109.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8127 0 39 222 8388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0218346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9911.92611286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838313185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03651026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61125480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.317151257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3981539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 105 -
Rwork0.297 2437 -
obs--94.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7633-0.749-0.42532.61310.65920.2075-0.02710.1493-0.101-0.2153-0.03120.13-0.0132-0.04750.05830.2491-0.03130.00780.23650.02290.350429.751-31.396-34.237
21.9981-0.0657-0.18881.70130.06340.8882-0.049-0.0317-0.20960.0136-0.00480.19180.1982-0.01710.05380.1787-0.02980.06170.16710.01360.428718.993-43.455-25.195
30.4125-0.581-0.03086.9861-9.051421.6877-0.1622-0.0211-0.09360.0623-0.15180.39240.21630.21580.31390.1032-0.00970.05940.2665-0.06470.65927.295-35.712-18.493
40.67290.7839-0.31061.9332-2.08033.1707-0.0926-0.02890.119-0.0530.06630.19320.0865-0.19770.02630.21380.03620.07370.2027-0.00020.559711.269-25.385-23.555
53.19060.33110.6431.91540.37660.21590.0120.20590.0565-0.2086-0.02630.02410.03750.08450.01430.25510.03050.11350.20350.02890.377236.891-14.117-34.291
61.88340.29470.0211.706-0.08621.63520.0152-0.01890.2539-0.0376-0.0406-0.0118-0.1015-0.08840.02540.21060.030.04510.1152-0.02420.39231.9961.297-25.252
76.4239-4.6004-5.51253.38474.73115.44810.4868-0.0831.4975-0.27930.0104-1.0319-0.6955-0.9205-0.49710.36-0.0840.06190.246-0.0550.883644.87.553-18.818
81.3675-0.7327-1.36571.21971.07263.80610.1342-0.16410.2763-0.0959-0.0056-0.2379-0.29950.1585-0.12850.2161-0.00220.04750.13950.03040.466351.49-1.144-23.897
92.519-0.0276-0.16722.2337-0.17950.0317-0.00620.1059-0.1788-0.1429-0.0525-0.12210.00510.01480.05870.20840.01090.05980.2641-0.01520.378848.255-28.967-34.453
102.1131-0.4844-0.43282.2118-0.21790.8152-0.044-0.2422-0.22750.1466-0.0477-0.45780.00020.21020.09170.12640.04440.0360.28930.09670.59264.236-32.431-25.769
118.6614.493710.89886.87325.787225.28580.3139-0.3962-1.45190.76380.056-1.0345-0.63710.509-0.370.2956-0.00880.020.20470.23751.074463.63-46.63-19.345
125.40590.49472.73041.1503-0.48694.2933-0.0419-0.3738-0.78890.2196-0.161-0.41210.16750.20060.20290.24310.07680.09340.19580.11660.700552.418-48.161-24.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2A91 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3A267 - 287
4X-RAY DIFFRACTION4A288 - 343
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6B91 - 266
7X-RAY DIFFRACTION7B267 - 287
8X-RAY DIFFRACTION8B288 - 343
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10C91 - 266
11X-RAY DIFFRACTION11C267 - 287
12X-RAY DIFFRACTION12C288 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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