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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdh
タイトルNon-cellulosomal cohesin from the hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus
要素COHESIN
キーワードCELL ADHESION / ARCHAEAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cohesin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Voronov-Goldman, M. / Lamed, R. / Noach, I. / Borovok, I. / Kwiat, M. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Frolow, F.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Non-Cellulosomal Cohesin from the Hyperthermophilic Archaeon Archaeoglobus Fulgidus
著者: Voronov-Goldman, M. / Lamed, R. / Noach, I. / Borovok, I. / Kwiat, M. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Frolow, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Cohesin-Like Module from Af2375 of the Archaeon Archaeoglobus Fulgidus.
著者: Voronov-Goldman, M. / Noach, I. / Lamed, R. / Shimon, L.J.W. / Borovok, I. / Bayer, E.A. / Frolow, F.
履歴
登録2010年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8275
ポリマ－17,6361
非ポリマー1914
水2,126118
1
A: COHESIN
ヘテロ分子

A: COHESIN
ヘテロ分子

A: COHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,48115
ポリマ－52,9073
非ポリマー57412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
Buried area2830 Å2
ΔGint-106.6 kcal/mol
Surface area21670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.754, 101.754, 101.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1669-

MG

21A-1670-

SO4

31A-1670-

SO4

41A-2104-

HOH

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要素

#1: タンパク質 COHESIN


分子量: 17635.570 Da / 分子数: 1 / 断片: ORF 2375, RESIDUES 278-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COHESIN MODULE OF ORF 2375 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: 4304 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS(DSM) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O30295
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE PH 8.5, 2 M MONO-AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.956
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→30 Å / Num. obs: 13584 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 37.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 46.6
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1ANU, 1AOH, 1G1K, 1QZN, 1TYJ

1anu

1aoh

1g1k

1qzn

1tyj


解像度: 1.96→25.438 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGION A97-A123 IS OMITTED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 1257 10.17 %
Rwork0.189 --
obs0.1931 12483 92.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.152 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→25.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 8 118 1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0931537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.75403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9575-2.03590.33881170.22641075X-RAY DIFFRACTION81
2.0359-2.12850.25651350.20621158X-RAY DIFFRACTION89
2.1285-2.24060.31461230.2061090X-RAY DIFFRACTION83
2.2406-2.38090.24111320.21631191X-RAY DIFFRACTION90
2.3809-2.56460.24811410.19451246X-RAY DIFFRACTION94
2.5646-2.82240.24231430.18681297X-RAY DIFFRACTION96
2.8224-3.23010.24751490.1841313X-RAY DIFFRACTION98
3.2301-4.06690.1981520.16661375X-RAY DIFFRACTION99
4.0669-25.44060.21741650.19531481X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.3317 Å / Origin y: 80.8691 Å / Origin z: 36.0372 Å
111213212223313233
T0.2715 Å2-0.0235 Å20.0383 Å2-0.14 Å20.0348 Å2--0.2931 Å2
L1.4201 °2-0.8316 °20.2964 °2-3.1768 °20.3977 °2--1.8708 °2
S-0.0905 Å °-0.1458 Å °-0.0642 Å °0.1949 Å °0.1484 Å °0.4991 Å °0.0058 Å °-0.1489 Å °-0.0276 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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