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万見
- PDB-2xdg: Crystal structure of the extracellular domain of human growth hor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdg
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human growth hormone releasing hormone receptor.
要素GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / RECEPTOR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / somatotropin secreting cell development / growth hormone-releasing hormone receptor activity / multicellular organismal reproductive process / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / growth hormone secretion / positive regulation of growth hormone secretion / regulation of protein metabolic process / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process ...regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / somatotropin secreting cell development / growth hormone-releasing hormone receptor activity / multicellular organismal reproductive process / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / growth hormone secretion / positive regulation of growth hormone secretion / regulation of protein metabolic process / positive regulation of multicellular organism growth / hormone metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / nuclear inner membrane / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth factor binding / nuclear outer membrane / peptide hormone binding / cAMP/PKA signal transduction / cell maturation / lactation / response to glucocorticoid / secretory granule / determination of adult lifespan / cellular response to glucose stimulus / establishment of localization in cell / G protein-coupled receptor activity / sarcolemma / response to insulin / response to estrogen / nuclear matrix / cellular response to insulin stimulus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (s) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, growth hormone-releasing hormone receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, growth hormone-releasing hormone receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth hormone-releasing hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Barr, A.J. / Burgess Brown, N. / Shrestha, L. / Yang, J. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. ...Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Barr, A.J. / Burgess Brown, N. / Shrestha, L. / Yang, J. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Extracellular Domain of Human Growth Hormone Releasing Hormone Receptor.
著者: Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Barr, A.J. / Burgess Brown, N. / Shrestha, L. / Yang, J. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, ...著者: Pike, A.C.W. / Quigley, A. / Barr, A.J. / Burgess Brown, N. / Shrestha, L. / Yang, J. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR
B: GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2497
ポリマ－20,0522
非ポリマー1975
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area11170 Å2
手法PISA
2
A: GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1133
ポリマ－10,0261
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1374
ポリマ－10,0261
非ポリマー1113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.648, 31.648, 287.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 GROWTH HORMONE-RELEASING HORMONE RECEPTOR / GHRH RECEPTOR / GROWTH HORMONE-RELEASING FACTOR GRF RECEPTOR / GRFR


分子量: 10026.190 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 34-123 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-SEC-NH / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02643
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 50 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 50 TO GLN
Has protein modificationY
配列の詳細SYNTHETIC CONSTRUCT WITH GLYCOSYLATION SITE ASN50 MUTATED TO GLUTAMINE (N50Q)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG6000, 0.15M MGCL2, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS PH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9779
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.491
11h+k,-k,-l20.509
反射解像度: 1.95→28.71 Å / Num. obs: 11887 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0066精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X57

2x57


解像度: 1.95→27.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.459 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22288 609 5.2 %RANDOM
Rwork0.16451 ---
obs0.16742 11160 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.07 Å20 Å20 Å2
2--3.07 Å20 Å2
3----6.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 11 83 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.971902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5043.0112216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1145176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.0392548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55715174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.967152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2260.255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.949→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 52 -
Rwork0.197 798 -
obs--97.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.25631.2656-0.61826.0473-4.5546.82280.15170.1164-0.1621-0.1348-0.0596-0.0810.38040.3789-0.09210.18020.09290.04050.1786-0.0640.116620.3954-7.1955-9.9755
22.8358-0.9376-1.73264.52280.27113.62850.0229-0.0688-0.0507-0.0197-0.012-0.11590.110.132-0.01090.0519-0.0247-0.00540.0614-0.00670.008411.2668-1.5742-4.8077
31.91541.2031-2.17355.0447-7.041214.021-0.00060.190.0928-0.1081-0.0142-0.0892-0.3693-0.06560.01480.1483-0.00330.02680.0958-0.01770.02616.78924.8724-11.6596
41.5269-0.98153.00381.3932-3.81311.13280.25840.3391-0.0779-0.15840.05490.15310.18880.0771-0.31330.23320.0175-0.03790.18180.0310.04670.72570.7677-14.7419
53.6082-0.89862.07777.48371.40034.1228-0.1888-0.0527-0.07560.03490.13090.1649-0.3393-0.14460.0580.13870.04440.03590.27690.01710.1332-16.257114.10019.6288
64.8599-0.2303-0.35170.18910.36518.4431-0.249-0.3264-0.23340.0091-0.13290.0931-0.16-0.44810.38190.1409-0.00430.00730.1531-0.05710.0545-10.01618.85195.8665
74.39181.81064.2622.88993.807111.00820.0709-0.1313-0.04090.18650.0005-0.0922-0.12690.245-0.07140.0997-0.00180.00850.06660.01180.00890.1268.56358.5858
82.1227-0.30864.24090.49840.672412.33510.1809-0.389-0.28130.0970.26210.08760.513-0.1121-0.4430.2516-0.04920.00210.21150.06540.04320.28651.063614.3754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3A80 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6B53 - 69
7X-RAY DIFFRACTION7B70 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8B99 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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