PDB-2x57: Crystal structure of the extracellular domain of human Vasoactive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x57

タイトル

Crystal structure of the extracellular domain of human Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2

要素

VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / CIRCADIAN RHYTHM / MALE REPRODUCTION / HORMONE BINDING / GROWTH / RECEPTOR / TRANSDUCER / CLASS B GPCR

機能・相同性

機能・相同性情報

pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptor activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / peptide hormone binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / cell-cell signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pike, A.C.W. / Barr, A.J. / Quigley, A. / Burgess Brown, N. / de Riso, A. / Bullock, A. / Berridge, G. / Muniz, J.R.C. / Chaikaud, A. / Vollmar, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Extracellular Domain of Human Vasoactive Intestinal Polypeptide Receptor 2
著者: Pike, A.C.W. / Barr, A.J. / Quigley, A. / Burgess Brown, N. / De Riso, A. / Bullock, A. / Berridge, G. / Muniz, J.R.C. / Chaikaud, A. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. ...

履歴

登録	2010年2月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x57.cif.gz	77.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x57.ent.gz	59.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ig8-d 3lvv-d 1xrc-1 4pu0-1 1ekr-1 1kmo-d 2abm-2 3lvw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (13) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

B: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

C: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

39.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

B: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

C: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

A: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

B: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

C: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

ソフトウェアが定義した集合体
79.6 kDa, 6 ポリマー
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2

A: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
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3

B: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
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4

C: VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.700, 99.700, 104.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
1	4	A
2	4	B
3	4	C
1	5	A
2	5	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	16 - 20
2	1	1	5	B	16 - 20
3	1	1	5	C	16 - 20
1	2	1	5	A	22 - 24
2	2	1	5	B	22 - 24
3	2	1	5	C	22 - 24
1	1	2	5	A	25 - 28
2	1	2	5	B	25 - 28
3	1	2	5	C	25 - 28
1	2	2	1	A	29 - 32
2	2	2	1	B	29 - 32
3	2	2	1	C	29 - 32
1	3	2	1	A	34 - 44
2	3	2	1	B	34 - 44
3	3	2	1	C	34 - 44
1	4	2	6	A	45 - 50
2	4	2	6	B	45 - 50
3	4	2	6	C	45 - 50
1	5	2	1	A	51 - 56
2	5	2	1	B	51 - 56
3	5	2	1	C	51 - 56
1	6	2	6	A	58 - 59
2	6	2	6	B	58 - 59
3	6	2	6	C	58 - 59
1	7	2	4	A	60 - 65
2	7	2	4	B	60 - 65
3	7	2	4	C	60 - 65
1	1	3	1	A	68 - 76
2	1	3	1	B	68 - 76
3	1	3	1	C	68 - 76
1	2	3	1	A	89 - 90
2	2	3	1	B	89 - 90
3	2	3	1	C	89 - 90
1	3	3	1	A	92 - 93
2	3	3	1	B	92 - 93
3	3	3	1	C	92 - 93
1	1	4	2	A	94 - 95
2	1	4	2	B	94 - 95
3	1	4	2	C	94 - 95
1	2	4	4	A	97
2	2	4	4	B	97
3	2	4	4	C	97
1	1	5	2	A	98 - 111
2	1	5	2	C	98 - 111

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	VASOACTIVE INTESTINAL POLYPEPTIDE RECEPTOR 2 / PITUITARY ADENYLATE CYCLASE-ACTIVATING POLYPEPTIDE TYPE III RECEPTOR / PACAP TYPE III RECEPTOR / ...PITUITARY ADENYLATE CYCLASE-ACTIVATING POLYPEPTIDE TYPE III RECEPTOR / PACAP TYPE III RECEPTOR / HELODERMIN-PREFERRING VIP RECEPTOR / PACAP-R-3 分子量: 13264.222 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 26-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P41587
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.2 / 詳細: 40% PEG300 0.1M CITRATE PHOSPHATE PH4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9809, 0.9799

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9809	1
2	0.9799	1

反射

解像度: 2.1→58.41 Å / Num. obs: 31377 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 7.793 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23477	1577	5 %	RANDOM
R_work	0.20707	-	-	-
obs	0.20844	29739	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2430	0	0	137	2567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.924	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.337	3.009	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.943	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.854	25.161	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.418	15	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.382	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.117	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.152	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.053	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.679	3	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.211	3	625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.979	5	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.544	8	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.093	12	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	277	tight positional	0.23	0.05
2	2	B	277	tight positional	0.23	0.05
2	3	C	277	tight positional	0.26	0.05
3	1	A	147	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	147	tight positional	0.07	0.05
3	3	C	147	tight positional	0.05	0.05
4	1	A	12	tight positional	0.07	0.05
4	2	B	12	tight positional	0.05	0.05
4	3	C	12	tight positional	0.06	0.05
5	1	A	82	tight positional	0.05	0.05
5	2	C	82	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	47	medium positional	0.09	0.5
1	2	B	47	medium positional	0.1	0.5
1	3	C	47	medium positional	0.11	0.5
2	1	A	114	medium positional	0.34	0.5
2	2	B	114	medium positional	0.29	0.5
2	3	C	114	medium positional	0.29	0.5
4	1	A	15	medium positional	0.24	0.5
4	2	B	15	medium positional	0.26	0.5
4	3	C	15	medium positional	0.15	0.5
5	1	A	104	medium positional	0.05	0.5
5	2	C	104	medium positional	0.05	0.5
1	1	A	51	loose positional	0.16	5
1	2	B	51	loose positional	0.13	5
1	3	C	51	loose positional	0.17	5
2	1	A	152	loose positional	0.53	5
2	2	B	152	loose positional	0.57	5
2	3	C	152	loose positional	0.61	5
2	1	A	277	tight thermal	1.36	0.5
2	2	B	277	tight thermal	1.21	0.5
2	3	C	277	tight thermal	1.23	0.5
3	1	A	147	tight thermal	0.21	0.5
3	2	B	147	tight thermal	0.27	0.5
3	3	C	147	tight thermal	0.24	0.5
4	1	A	12	tight thermal	1.4	0.5
4	2	B	12	tight thermal	1.22	0.5
4	3	C	12	tight thermal	1.41	0.5
5	1	A	82	tight thermal	0.2	0.5
5	2	C	82	tight thermal	0.2	0.5
1	1	A	47	medium thermal	1.49	2
1	2	B	47	medium thermal	1.9	2
1	3	C	47	medium thermal	1.21	2
2	1	A	114	medium thermal	1.19	2
2	2	B	114	medium thermal	1.41	2
2	3	C	114	medium thermal	1.21	2
4	1	A	15	medium thermal	1.72	2
4	2	B	15	medium thermal	1.46	2
4	3	C	15	medium thermal	1.54	2
5	1	A	104	medium thermal	0.22	2
5	2	C	104	medium thermal	0.22	2
1	1	A	51	loose thermal	1.66	10
1	2	B	51	loose thermal	1.62	10
1	3	C	51	loose thermal	1.35	10
2	1	A	152	loose thermal	1.09	10
2	2	B	152	loose thermal	1.19	10
2	3	C	152	loose thermal	1.22	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.437	117	-
R_work	0.363	2144	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1528	0.2464	0.052	2.1211	0.1672	5.4756	0.1211	-0.4405	0.1771	0.2694	0.0489	-0.0987	-0.1748	0.0677	-0.17	0.1218	-0.042	0.0469	0.1133	-0.0484	0.0697	13.5111	0.4955	-13.8984
2	1.6525	-1.6959	0.7911	3.9732	-1.6229	0.84	0.0921	0.1935	-0.0137	-0.3301	-0.0761	-0.1404	0.1509	0.0728	-0.0161	0.1025	-0.0081	0.0168	0.0434	-0.0139	0.0431	17.6107	-2.402	-40.162
3	2.6213	-1.2925	-0.1114	2.8687	0.8525	0.4438	-0.0272	-0.1659	-0.0023	0.1155	0.0948	-0.4729	0.0033	0.0339	-0.0676	0.0705	-0.007	-0.0226	0.0285	0.0146	0.188	31.5291	-16.9331	-22.5056

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 114

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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