PDB-2xdd: A processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xdd

タイトル

A processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system

要素

TOXI
TOXN

キーワード

TOXIN/RNA / TOXIN-RNA COMPLEX / ABORTIVE INFECTION / PHAGE / TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

plasmid maintenance / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Blower, T.R. / Pei, X.Y. / Short, F.L. / Fineran, P.C. / Humphreys, D.P. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The Phage Abortive Infection System, Toxin, Functions as a Protein-RNA Toxin-Antitoxin Pair.
著者: Fineran, P.C. / Blower, T.R. / Foulds, I.J. / Humphreys, D.P. / Lilley, K.S. / Salmond, G.P.C.

履歴

登録	2010年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xdd.cif.gz	330.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xdd.ent.gz	281.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/2xdd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xd0 2xdb
類似構造データ	4ato-1 6wn7-d 6jl6-1 5nhu-d 6jkq-1 3tpf-2 6jl6-2 3e2p-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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転移RNA (Transfer RNA)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TOXN

B: TOXN

E: TOXN

F: TOXI

G: TOXI

H: TOXI

ヘテロ分子

95.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.850, 118.130, 41.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:162)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:162)
3	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:162)

#1: タンパク質	TOXN 分子量: 19961.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア) 株: SCRI 1039 / 解説: ENVIRONMENTAL ISOLATED FROM SCOTLAND, U.K / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: B8X8Z0, EC: 3.1.27.3
#2: RNA鎖	TOXI 分子量: 11575.790 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 1775-1814 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア) 解説: ENVIRONMENTAL ISOLATED FROM SCOTLAND, U.K / プラスミド: PACYC184 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: FJ176937
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	TOXI IS A NONCODING ANTITOXIN RNA TO TOXN TOXIC PROTEIN TOXI CORRESPONDS TO PECA1039 PLASMID ...TOXI IS A NONCODING ANTITOXIN RNA TO TOXN TOXIC PROTEIN TOXI CORRESPONDS TO PECA1039 PLASMID NUCLEOTIDES 1706-1957.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.01M ZNSO4, 0.1M MES PH6.5, 25% PEG MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月9日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR FOCUSSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→35 Å / Num. obs: 14694 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 62.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.6_289)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→34.9 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	2879	10 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.194	28776	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.73 Å² / k_sol: 0.31 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0183 Å²	0 Å²	-2.647 Å²
2-	-	3.4314 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.4131 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	2292	12	56	6308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.66	9411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.322	2892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	801

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1316	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1316	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	3	E	1316	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2525	0.3657	132	0.2836	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2525-3.3085	0.2844	140	0.231	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3085-3.3686	0.3058	133	0.2204	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3686-3.4333	0.2942	127	0.2297	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4333-3.5034	0.2836	152	0.2121	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5034-3.5795	0.2884	131	0.2174	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5795-3.6626	0.3489	145	0.1966	1194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6626-3.7541	0.241	143	0.1845	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7541-3.8555	0.2189	128	0.1811	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8555-3.9688	0.2217	140	0.1536	1194	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9688-4.0967	0.1962	127	0.1399	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0967-4.2429	0.1793	141	0.1363	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2429-4.4125	0.2041	143	0.1479	1203	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4125-4.6129	0.1876	140	0.1341	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6129-4.8555	0.2328	134	0.1479	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8555-5.1588	0.2259	133	0.1522	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1588-5.5556	0.2297	142	0.1623	1192	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5556-6.112	0.2639	140	0.177	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
6.112-6.9903	0.2548	140	0.1948	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9903-8.7837	0.3067	135	0.1945	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
8.7837-34.8988	0.2744	133	0.2152	1240	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8937	-1.8017	0.6642	4.5032	-0.1971	3.6332	-0.0662	0.067	-0.1668	0.0449	-0.1313	-0.2311	0.4373	0.0548	0.1626	0.0934	0.0248	0.0405	0.0982	-0.0469	-0.1331	63.6183	38.535	-6.7206
2	3.5884	0.3468	1.0163	3.1433	0.1355	2.6536	-0.0997	-0.1001	0.4515	-0.3609	-0.0732	0.1056	0.0604	0.2552	0.1736	0.0848	0.0902	-0.0954	0.1045	-0.0689	0.1824	19.1744	66.6467	-17.2619
3	2.2988	0.1293	-0.2741	5.0709	0.9251	4.6074	-0.4176	0.2898	-0.1999	0.2919	-0.1948	1.5515	-0.065	-0.4721	0.2705	0.126	-0.0221	0.1919	0.1646	-0.0892	0.5615	17.01	13.5517	-12.0634
4	6.5261	3.4546	2.2369	2.0576	0.5429	-1.3454	0.1925	-0.0291	-0.4091	-0.1428	0.0481	-0.2606	-0.292	0.0577	0.0105	0.371	-0.1305	0.0329	0.4184	-0.1902	0.221	42.5438	20.6154	-15.3368
5	6.6916	-4.6958	0.3082	1.6884	-2.0698	-2.1496	-0.2866	0.1085	0.2939	-0.2761	-0.0705	0.3691	-0.2548	-0.2863	-0.1966	0.3271	0.105	-0	0.3174	-0.0367	0.0566	46.0558	56.7871	-16.9951
6	1.9539	2.4147	1.2074	4.3079	-1.6573	-1.5181	0.0954	0.1851	-0.7836	-0.7553	-0.2964	-0.3391	-0.0326	-0.1575	0.1156	0.5317	0.0694	0.0086	0.0372	-0.0974	0.4247	14.2577	40.4421	-20.9677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN G
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN H
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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