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- PDB-2xdd: A processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xdd
タイトルA processed non-coding RNA regulates a bacterial antiviral system
要素
  • TOXI
  • TOXN
キーワードTOXIN/RNA / TOXIN-RNA COMPLEX / ABORTIVE INFECTION / PHAGE / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / hydrolase activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ToxN/AbiQ toxin / : / Toxin ToxN, type III toxin-antitoxin system / Thiol Ester Dehydrase; Chain A - #130 / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease ToxN
類似検索 - 構成要素
生物種PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Blower, T.R. / Pei, X.Y. / Short, F.L. / Fineran, P.C. / Humphreys, D.P. / Luisi, B.F. / Salmond, G.P.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The Phage Abortive Infection System, Toxin, Functions as a Protein-RNA Toxin-Antitoxin Pair.
著者: Fineran, P.C. / Blower, T.R. / Foulds, I.J. / Humphreys, D.P. / Lilley, K.S. / Salmond, G.P.C.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOXN
B: TOXN
E: TOXN
F: TOXI
G: TOXI
H: TOXI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,39518
ポリマ－94,6106
非ポリマー78512
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-410.6 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.850, 118.130, 41.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:162)
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:162)
311CHAIN E AND (RESSEQ 1:162)

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要素

#1: タンパク質 TOXN


分子量: 19961.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)
株: SCRI 1039 / 解説: ENVIRONMENTAL ISOLATED FROM SCOTLAND, U.K / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: B8X8Z0, EC: 3.1.27.3
#2: RNA鎖 TOXI


分子量: 11575.790 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 1775-1814 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PECTOBACTERIUM ATROSEPTICUM (バクテリア)
解説: ENVIRONMENTAL ISOLATED FROM SCOTLAND, U.K / プラスミド: PACYC184 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: FJ176937
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細TOXI IS A NONCODING ANTITOXIN RNA TO TOXN TOXIC PROTEIN TOXI CORRESPONDS TO PECA1039 PLASMID ...TOXI IS A NONCODING ANTITOXIN RNA TO TOXN TOXIC PROTEIN TOXI CORRESPONDS TO PECA1039 PLASMID NUCLEOTIDES 1706-1957.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.01M ZNSO4, 0.1M MES PH6.5, 25% PEG MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月9日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→35 Å / Num. obs: 14694 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 62.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→34.9 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 2879 10 %
Rwork0.188 --
obs0.194 28776 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.73 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0183 Å20 Å2-2.647 Å2
2--3.4314 Å20 Å2
3----3.4131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3948 2292 12 56 6308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.669411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3222892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009801
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1316X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1316X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
13E1316X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.25250.36571320.28361188X-RAY DIFFRACTION100
3.2525-3.30850.28441400.2311190X-RAY DIFFRACTION100
3.3085-3.36860.30581330.22041255X-RAY DIFFRACTION100
3.3686-3.43330.29421270.22971262X-RAY DIFFRACTION100
3.4333-3.50340.28361520.21211241X-RAY DIFFRACTION100
3.5034-3.57950.28841310.21741226X-RAY DIFFRACTION100
3.5795-3.66260.34891450.19661194X-RAY DIFFRACTION100
3.6626-3.75410.2411430.18451262X-RAY DIFFRACTION100
3.7541-3.85550.21891280.18111272X-RAY DIFFRACTION100
3.8555-3.96880.22171400.15361194X-RAY DIFFRACTION100
3.9688-4.09670.19621270.13991258X-RAY DIFFRACTION100
4.0967-4.24290.17931410.13631249X-RAY DIFFRACTION100
4.2429-4.41250.20411430.14791203X-RAY DIFFRACTION100
4.4125-4.61290.18761400.13411254X-RAY DIFFRACTION100
4.6129-4.85550.23281340.14791220X-RAY DIFFRACTION100
4.8555-5.15880.22591330.15221278X-RAY DIFFRACTION100
5.1588-5.55560.22971420.16231192X-RAY DIFFRACTION100
5.5556-6.1120.26391400.1771262X-RAY DIFFRACTION100
6.112-6.99030.25481400.19481242X-RAY DIFFRACTION100
6.9903-8.78370.30671350.19451215X-RAY DIFFRACTION100
8.7837-34.89880.27441330.21521240X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8937-1.80170.66424.5032-0.19713.6332-0.06620.067-0.16680.0449-0.1313-0.23110.43730.05480.16260.09340.02480.04050.0982-0.0469-0.133163.618338.535-6.7206
23.58840.34681.01633.14330.13552.6536-0.0997-0.10010.4515-0.3609-0.07320.10560.06040.25520.17360.08480.0902-0.09540.1045-0.06890.182419.174466.6467-17.2619
32.29880.1293-0.27415.07090.92514.6074-0.41760.2898-0.19990.2919-0.19481.5515-0.065-0.47210.27050.126-0.02210.19190.1646-0.08920.561517.0113.5517-12.0634
46.52613.45462.23692.05760.5429-1.34540.1925-0.0291-0.4091-0.14280.0481-0.2606-0.2920.05770.01050.371-0.13050.03290.4184-0.19020.22142.543820.6154-15.3368
56.6916-4.69580.30821.6884-2.0698-2.1496-0.28660.10850.2939-0.2761-0.07050.3691-0.2548-0.2863-0.19660.32710.105-00.3174-0.03670.056646.055856.7871-16.9951
61.95392.41471.20744.3079-1.6573-1.51810.09540.1851-0.7836-0.7553-0.2964-0.3391-0.0326-0.15750.11560.53170.06940.00860.0372-0.09740.424714.257740.4421-20.9677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN E
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN G
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN H
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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