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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xcy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aspergillus fumigatus sialidase | ||||||
要素 | EXTRACELLULAR SIALIDASE/NEURAMINIDASE, PUTATIVE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Telford, J.C. / Yeung, J. / Xu, G. / Bennet, A. / Moore, M.M. / Taylor, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: The Aspergillus Fumigatus Sialidase is a Kdnase: Structural and Mechanistic Insights. 著者: Telford, J.C. / Yeung, J.H. / Xu, G. / Kiefel, M.J. / Watts, A.G. / Hader, S. / Chan, J. / Bennet, A.J. / Moore, M.M. / Taylor, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xcy.cif.gz | 174.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xcy.ent.gz | 146.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xcy_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xcy_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xcy_validation.xml.gz | 37.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xcy_validation.cif.gz | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42352.176 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4WQS0, exo-alpha-sialidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→12.4 Å / Num. obs: 59980 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 64.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.84→12.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.23 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.755 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→12.4 Å
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拘束条件 |
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