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- PDB-2xc6: Crystal structure of the GNA 3'-CTC(Br)UAGAG-2' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xc6
タイトルCrystal structure of the GNA 3'-CTC(Br)UAGAG-2'
要素GNA
キーワードRNA / WATSON-CRICK BASE PAIR / GLYCOL NUCLEIC ACID
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
引用
ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2011
タイトル: On the Structure and Dynamics of Duplex Gna.
著者: Johnson, A.T. / Schlegel, M.K. / Meggers, E. / Essen, L.O. / Wiest, O.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Duplex Structure of a Minimal Nucleic Acid.
著者: Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
#2: ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2010
タイトル: Atomic Resolution Duplex Structure of the Simplified Nucleic Acid Gna.
著者: Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
履歴
登録2010年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 2.02022年6月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2013
ポリマ－2,1551
非ポリマー462
水37821
1
A: GNA
ヘテロ分子

A: GNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4026
ポリマ－4,3102
非ポリマー924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)56.930, 56.930, 28.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: RNA鎖 GNA


分子量: 2155.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC GLYCOL NUCLEIC ACID 3'-((ZCY)P(ZTH)P(ZCY)P(ZBU)P(ZAD)P(ZGU)P(ZAD)P(ZGU))-2'
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細URACIL U4 IS BROMINATED AT C5 FOR MAD ANALYSIS AT BROMINE EDGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 10 % MPD, 40 MM SODIUM CACODYLATE, PH 5.5, 20 MM COBALT HEXAMINE, 40 MM LICL, 20 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91985
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→15.88 Å / Num. obs: 2242 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 34.172 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 1.83→1.93 Å / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.83→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.649 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. GNA DUPLEX OF TYPE N FORMED WITH SYMMETRY-EQUIVALENT MOLECULE, 3'TERMINAL CYTOSINE NUCLEOTIDE AND 5-BROMO ATOM AT U4 ONLY PARTIAL OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 155 7 %RANDOM
Rwork0.23447 ---
obs0.23697 2068 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 137 2 21 160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7153213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6313154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0643148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9514.5206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.832→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 11 -
Rwork0.268 138 -
obs--96.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.0237 Å / Origin y: 6.2082 Å / Origin z: -12.2048 Å
111213212223313233
T0.0841 Å2-0.077 Å20.0458 Å2-0.1045 Å2-0.0241 Å2--0.0904 Å2
L2.061 °20.4823 °22.3312 °2-1.8936 °2-0.6942 °2--4.7135 °2
S0.044 Å °-0.3067 Å °0.055 Å °-0.1721 Å °0.0186 Å °-0.0678 Å °-0.7083 Å °0.6294 Å °-0.0626 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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