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- PDB-2xbo: Equine Rhinitis A Virus in Complex with its Sialic Acid Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xbo
タイトルEquine Rhinitis A Virus in Complex with its Sialic Acid Receptor
要素(P1) x 4
キーワードVIRUS / CAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-alpha-lactose / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 4 Å
データ登録者Fry, E.E. / Tuthill, T.J. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Rowlands, D.J. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2010
タイトル: The Crystal Structure of Equine Rhinitis a Virus in Complex with its Sialic Acid Receptor.
著者: Fry, E.E. / Tuthill, T.J. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Rowlands, D.J. / Stuart, D.I.
履歴
登録2010年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9025
ポリマ－85,2694
非ポリマー6341
水00
1
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,154,140300
ポリマ－5,116,127240
非ポリマー38,01360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 430 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,51225
ポリマ－426,34420
非ポリマー3,1685
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 515 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,41430
ポリマ－511,61324
非ポリマー3,8016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)344.800, 531.400, 488.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1, -1.0E-5), (1, -0.00019), (1.0E-5, -0.00019, -1)0.0025, 0.0371, 244.1952
3generate(0.30951, -0.8144, 0.49088), (0.80041, 0.50183, 0.32789), (-0.51337, 0.29142, 0.80717)43.9791, 23.4199, -13.6881
4generate(-0.30947, 0.81438, -0.49092), (0.80051, 0.50177, 0.32774), (0.51324, -0.29156, -0.8072)-43.9678, 23.4607, 257.8788
5generate(-0.8086, -0.51719, 0.2805), (0.48051, -0.30538, 0.8221), (-0.33952, 0.79953, 0.49545)31.8233, 66.0929, -40.5505
6generate(0.80862, 0.51713, -0.28056), (0.48056, -0.30545, 0.82205), (0.33941, -0.79955, -0.4955)-31.7975, 66.1176, 284.7175
7generate(-0.80773, 0.48189, -0.33964), (-0.51798, -0.30496, 0.79918), (0.28154, 0.82145, 0.49594)-20.0364, 68.8944, -43.3725
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48generate(0.53712, 0.29369, -0.79073), (-0.29895, -0.8103, -0.50402), (-0.78876, 0.50711, -0.34743)59.1581, 292.9299, 99.7408
49generate(-0.80632, 0.52109, 0.27984), (-0.48363, -0.30845, -0.81912), (-0.34052, -0.79581, 0.50073)-100.8404, 267.1745, 162.606
50generate(0.80627, -0.52119, -0.27978), (-0.48369, -0.30859, -0.81903), (0.34054, 0.79569, -0.5009)100.8524, 267.1885, 81.6077
51generate(-0.02089, 0.02618, 0.99944), (-0.99978, 0.00238, -0.02096), (-0.00293, -0.99965, 0.02613)-125.4227, 129.8073, 246.5454
52generate(0.02092, -0.02633, -0.99943), (-0.99978, 0.00236, -0.02098), (0.00291, 0.99965, -0.02627)125.4549, 129.8167, -2.3637
53generate(-0.49785, 0.32167, 0.8054), (-0.29692, 0.80933, -0.50678), (-0.81485, -0.49144, -0.30741)-139.3726, 86.1848, 222.3127
54generate(0.49765, -0.32175, -0.8055), (-0.29688, 0.80939, -0.50671), (0.81499, 0.4913, 0.30727)139.4093, 86.1598, 21.8979
55generate(-0.31016, 0.80154, 0.51121), (0.81568, 0.50058, -0.28999), (-0.48834, 0.32704, -0.80906)-164.6661, 99.0877, 179.1787
56generate(0.31, -0.80147, -0.51142), (0.8157, 0.50055, -0.28999), (0.4884, -0.32726, 0.80893)164.6917, 99.0942, 65.0506
57generate(0.28318, 0.80357, 0.52353), (0.80194, -0.49779, 0.33029), (0.52602, 0.32631, -0.78538)-166.5852, 150.7295, 176.3557
58generate(-0.28304, -0.80351, -0.5237), (0.80196, -0.49776, 0.33029), (-0.52607, -0.32651, 0.78527)166.6037, 150.7247, 67.8644
59generate(0.46232, 0.32402, 0.82539), (-0.3208, -0.80667, 0.49635), (0.82665, -0.49426, -0.26899)-142.272, 169.9761, 218.0908
60generate(-0.46209, -0.32414, -0.82547), (-0.32075, -0.80671, 0.49632), (-0.8268, 0.49412, 0.26881)142.3132, 169.9909, 26.1315

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要素

#1: タンパク質 P1


分子量: 27501.094 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP1, RESIDUES 537-784 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#2: タンパク質 P1


分子量: 25269.607 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP2, RESIDUES 81-310 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#3: タンパク質 P1


分子量: 24387.523 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP3, RESIDUES 311-536 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#4: タンパク質 P1


分子量: 8110.563 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP4, RESIDUES 1-80 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-alpha-lactose
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.87
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→25 Å / Num. obs: 28861 / % possible obs: 7.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37
反射 シェル冗長度: 1.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 4→20 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.247 --
obs0.247 28779 7.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5372 0 43 0 5415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.23
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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