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- PDB-2xb2: Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b as... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xb2
タイトルCrystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery
要素
  • EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
  • PROTEIN CASC3
  • PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
  • PUTATIVE REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
  • REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
  • RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
  • RNA-BINDING PROTEIN 8A
キーワードHYDROLASE / EXON JUNCTION COMPLEX / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY / TRANSLATION / UPF3B
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors ...exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / intracellular mRNA localization / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / regulation of mRNA processing / selenocysteine insertion sequence binding / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA 3'-end processing / U2-type catalytic step 1 spliceosome / embryonic cranial skeleton morphogenesis / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exploration behavior / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / associative learning / centriolar satellite / mRNA transport / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / positive regulation of neuron differentiation / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of translation / response to organic cyclic compound / brain development / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / RNA stem-loop binding / rRNA processing / neuron projection development / regulation of translation / postsynapse / nuclear membrane / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Mago nashi protein / Mago nashi / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein ...UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Mago nashi protein / Mago nashi / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / RNA (> 10) / Protein CASC3 / Eukaryotic initiation factor 4A-III / Protein mago nashi homolog / Regulator of nonsense transcripts 3B / RNA-binding protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Buchwald, G. / Ebert, J. / Basquin, C. / Sauliere, J. / Jayachandran, U. / Bono, F. / Le Hir, H. / Conti, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Insights Into the Recruitment of the Nmd Machinery from the Crystal Structure of a Core Ejc-Upf3B Complex.
著者: Buchwald, G. / Ebert, J. / Basquin, C. / Sauliere, J. / Jayachandran, U. / Bono, F. / Le Hir, H. / Conti, E.
履歴
登録2010年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
C: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
D: RNA-BINDING PROTEIN 8A
E: RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
F: PUTATIVE REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
G: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
R: RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
S: PROTEIN CASC3
T: PROTEIN CASC3
U: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
X: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
Y: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
Z: RNA-BINDING PROTEIN 8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,44617
ポリマ－207,38513
非ポリマー1,0614
水00
1
R: RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
S: PROTEIN CASC3
U: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
X: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
Y: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
Z: RNA-BINDING PROTEIN 8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0358
ポリマ－103,5056
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15000 Å2
ΔGint-73.9 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
2
A: EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III
C: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
D: RNA-BINDING PROTEIN 8A
E: RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE
G: REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B
T: PROTEIN CASC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0358
ポリマ－103,5056
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15400 Å2
ΔGint-68.1 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
3
F: PUTATIVE REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 375 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3751
ポリマ－3751
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.800, 134.800, 227.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.1978, -0.10023, 0.97511), (-0.11426, -0.99034, -0.07862), (0.97356, -0.09586, -0.20734)44.98475, -45.14456, -61.1079
2given(0.1978, -0.10023, 0.97511), (-0.11426, -0.99034, -0.07862), (0.97356, -0.09586, -0.20734)44.98475, -45.14456, -61.1079
3given(0.1978, -0.10023, 0.97511), (-0.11426, -0.99034, -0.07862), (0.97356, -0.09586, -0.20734)44.98475, -45.14456, -61.1079
4given(0.1978, -0.10023, 0.97511), (-0.11426, -0.99034, -0.07862), (0.97356, -0.09586, -0.20734)44.98475, -45.14456, -61.1079

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要素

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タンパク質 , 5種, 10分子 AXCYDZGUST

#1: タンパク質 EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-III / EIF4AIII / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A- ...EIF4AIII / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE EIF4A-3 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48 / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR MATRIX PROTEIN 265 / NMP 265


分子量: 46930.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P38919, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質 PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG / MAGO


分子量: 17189.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61326
#3: タンパク質 RNA-BINDING PROTEIN 8A / RNA-BINDING MOTIF PROTEIN 8A / Y14 / RIBONUCLEOPROTEIN RBM8A / RNA-BINDING PROTEIN Y14 / BINDER OF ...RNA-BINDING MOTIF PROTEIN 8A / Y14 / RIBONUCLEOPROTEIN RBM8A / RNA-BINDING PROTEIN Y14 / BINDER OF OVCA1-1 / BOV-1


分子量: 10313.474 Da / 分子数: 2 / Fragment: RRM, RESIDUES 66-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#6: タンパク質 REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B / UPF3B / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 3B / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 3 HOMOLOG B / UP-FRAMESHIFT ...UPF3B / NONSENSE MRNA REDUCING FACTOR 3B / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 3 HOMOLOG B / UP-FRAMESHIFT SUPPRESSOR 3 HOMOLOG ON CHROMOSOME X / HUPF3P-X


分子量: 6809.521 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-TERMINAL EJC BINDING REGION, RESIDUES 411-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZI7
#7: タンパク質 PROTEIN CASC3 / BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE GENE 51 PROTEIN / ...BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE GENE 51 PROTEIN / MLN 51 / BTZ


分子量: 17713.482 Da / 分子数: 2 / Fragment: SELOR DOMAIN, RESIDUES 137-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15234

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RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ERF

#4: RNA鎖 RNA POLY-U-RIBONUCLEOTIDE


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 15 POLY-U SYNTHETIC CONSTRUCT / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: タンパク質・ペプチド PUTATIVE REGULATOR OF NONSENSE TRANSCRIPTS 3B


分子量: 375.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BZI7*PLUS

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非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, 0.2M MG-ACETATE 4H2O, 10 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年7月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→60 Å / Num. obs: 29550 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 59.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J0S

2j0s


解像度: 3.4→60 Å / Rfactor Rfree error: 0.0068 / Data cutoff high absF: 2650687.04 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2604 1460 4.9 %RANDOM
Rwork0.2204 ---
obs0.2204 29550 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3777 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.457 Å20 Å20 Å2
2--4.457 Å20 Å2
3----8.914 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11352 294 64 0 11710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.58
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3905 52 3.5 %
Rwork0.2925 945 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ANP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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