PDB-2xal: Lead derivative of Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xal

タイトル

Lead derivative of Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with ADP and IP6.

要素

INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

キーワード

TRANSFERASE / INOSITOL POLYPHOSPHATE KINASE / PHYTIC ACID SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / phosphate ion homeostasis / intracellular phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Inositol 1,3,4,5,6-Pentakisphosphate 2-Kinase is a Distant Ipk Member with a Singular Inositide Binding Site for Axial 2-Oh Recognition.
著者: Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.

履歴

登録	2010年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月29日	Group: Other
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2019年10月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.5	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.0	2020年10月7日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xal.cif.gz	182.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xal.ent.gz	144.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xal_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xal_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2xal_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	2xal_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/2xal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/2xal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xamC 2xanC 2xaoC 2xarC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xar-1 2xan-1 3a8u-d 2xao-2 4uhn-d 6gnh-d 3h4j-1 2xam-1 4a33-d 2xao-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
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カスパーゼ (Caspases)
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オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
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#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
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#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.063, 110.971, 138.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	5 - 45	5 - 45
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	B	B	5 - 45	5 - 45
1	2	VAL	VAL	SER	SER	A	A	60 - 150	60 - 150
2	2	VAL	VAL	SER	SER	B	B	60 - 150	60 - 150
1	3	CYS	CYS	ALA	ALA	A	A	162 - 271	162 - 271
2	3	CYS	CYS	ALA	ALA	B	B	162 - 271	162 - 271
1	4	HIS	HIS	CYS	CYS	A	A	282 - 330	282 - 330
2	4	HIS	HIS	CYS	CYS	B	B	282 - 330	282 - 330
1	5	PRO	PRO	GLN	GLN	A	A	349 - 376	349 - 376
2	5	PRO	PRO	GLN	GLN	B	B	349 - 376	349 - 376
1	6	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	400 - 432	400 - 432
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	400 - 432	400 - 432

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99776, 0.05526, 0.03759), (0.05799, -0.99543, -0.07592), (0.03322, 0.07793, -0.99641)
ベクター: -34.32505, 123.48315, 103.57463)

#1: タンパク質	INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2- ...INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2-KINASE / ATIPK1 分子量: 50717.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: PKLSLT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS 参照: UniProt: Q93YN9, inositol-pentakisphosphate 2-kinase
#2: 化合物	ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆
#3: 化合物	ChemComp-PB / LEAD (II) ION 分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modification	Y
配列の詳細	THERE ARE SEVERAL DISCREPANCES IN SEQUENCE BETWEEN THE DATABASE ANNOTATION AND THE CRYSTALLISED PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % 解説: HIGH RESOLUTION DATA FROM PDB ENTRY 2XAM WAS NECESARY FOR MODEL COMPLETION AND REFINEMENT
結晶化	pH: 5.9 詳細: 22% PEG 3350, 100 MM BIS-TRIS PH 5.9, SOAKING IN 100 MM LEAD ACETATE. PROTEIN WAS MIXED WITH 2 MM ADP AND 2 MM INOSITOL-6-P

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9478
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9478 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→138.69 Å / Num. obs: 15450 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.68 % / B_iso Wilson estimate: 53.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 4.34
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
CCP4		データスケーリング
SHELX		位相決定
autoSHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→86.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / SU B: 44.748 / SU ML: 0.44 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.598 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26835	768	5 %	RANDOM
R_work	0.21049	-	-	-
obs	0.21335	14634	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→86.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6719	0	132	0	6851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	2	9433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.086	5	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.156	24.647	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.203	15	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.587	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.483	1.5	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.933	2	6789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.194	3	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.172	4.5	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	164	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	164	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	364	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	364	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	440	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	440	tight positional	0.05	0.05
4	1	A	196	tight positional	0.04	0.05
4	2	B	196	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	112	tight positional	0.05	0.05
5	2	B	112	tight positional	0.05	0.05
6	1	A	132	tight positional	0.04	0.05
6	2	B	132	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	152	medium positional	0.05	0.5
1	2	B	152	medium positional	0.05	0.5
2	1	A	366	medium positional	0.07	0.5
2	2	B	366	medium positional	0.07	0.5
3	1	A	424	medium positional	0.06	0.5
3	2	B	424	medium positional	0.06	0.5
4	1	A	196	medium positional	0.06	0.5
4	2	B	196	medium positional	0.06	0.5
5	1	A	105	medium positional	0.06	0.5
5	2	B	105	medium positional	0.06	0.5
6	1	A	161	medium positional	0.07	0.5
6	2	B	161	medium positional	0.07	0.5
1	1	A	164	tight thermal	0.18	0.5
1	2	B	164	tight thermal	0.18	0.5
2	1	A	364	tight thermal	0.28	0.5
2	2	B	364	tight thermal	0.28	0.5
3	1	A	440	tight thermal	0.22	0.5
3	2	B	440	tight thermal	0.22	0.5
4	1	A	196	tight thermal	0.3	0.5
4	2	B	196	tight thermal	0.3	0.5
5	1	A	112	tight thermal	0.28	0.5
5	2	B	112	tight thermal	0.28	0.5
6	1	A	132	tight thermal	0.24	0.5
6	2	B	132	tight thermal	0.24	0.5
1	1	A	152	medium thermal	0.21	2
1	2	B	152	medium thermal	0.21	2
2	1	A	366	medium thermal	0.33	2
2	2	B	366	medium thermal	0.33	2
3	1	A	424	medium thermal	0.25	2
3	2	B	424	medium thermal	0.25	2
4	1	A	196	medium thermal	0.32	2
4	2	B	196	medium thermal	0.32	2
5	1	A	105	medium thermal	0.33	2
5	2	B	105	medium thermal	0.33	2
6	1	A	161	medium thermal	0.26	2
6	2	B	161	medium thermal	0.26	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	56	-
R_work	0.265	1072	-
obs	-	-	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0893	1.1029	-0.9356	2.0364	-1.602	3.3032	-0.0843	0.1255	-0.1067	-0.2055	0.0416	-0.0573	0.2883	0.1964	0.0427	0.0334	0.0164	-0.0003	0.0384	-0.0115	0.0099	40.3078	69.1124	30.538
2	3.8723	-0.9067	-0.9804	4.0631	0.6603	2.17	-0.2672	-0.0953	0.0226	0.1483	0.2112	-0.0892	0.0712	0.0427	0.0561	0.0486	0.0282	-0.0131	0.0223	-0.0106	0.0077	69.1461	53.4587	79.731
3	0.6837	0.0736	-0.0006	2.0031	-0.5099	0.8313	0.0456	-0.0131	-0.0405	0.0826	0.0088	0.1356	-0.1112	-0.0131	-0.0543	0.0344	-0.0048	0.012	0.0024	-0.0006	0.0155	28.8654	72.7021	48.6354
4	1.1627	0.0122	0.1049	2.2881	-0.0765	0.7664	-0.035	0.1208	0.0667	-0.0588	-0.0633	0.0532	0.0177	-0.1251	0.0983	0.0456	-0.0047	-0.0161	0.1008	-0.0113	0.0215	58.3886	50.4949	60.465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	160 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	161 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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