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- PDB-2xad: Crystal structure of deacetylase-teicoplanin complex in biosynthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xad
タイトルCrystal structure of deacetylase-teicoplanin complex in biosynthesis pathway of teicoplanin
要素
  • N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
  • TEICOPLANIN
キーワードOXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC COMPLEX / ANTIBIOTIC / A40926 / GLYCOPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoside metabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / acyltransferase activity / ligase activity / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LmbE-like / N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase-related / Putative deacetylase LmbE-like domain superfamily / GlcNAc-PI de-N-acetylase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid / beta-D-mannopyranose / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 8-METHYLNONANOIC ACID / LmbE family N-acetylglucosaminyl deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chan, H.C. / Huang, Y.T. / Lyu, S.Y. / Huang, C.J. / Li, Y.S. / Liu, Y.C. / Chou, C.C. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
引用ジャーナル: Mol.Biosyst. / 年: 2011
タイトル: Regioselective Deacetylation Based on Teicoplanin-Complexed Orf2 Crystal Structures.
著者: Chan, H.C. / Huang, Y.T. / Lyu, S.Y. / Huang, C.J. / Li, Y.S. / Liu, Y.C. / Chou, C.C. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月30日Group: Other
改定 1.22014年1月15日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
B: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
C: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
D: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
E: TEICOPLANIN
F: TEICOPLANIN
G: TEICOPLANIN
H: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,92324
ポリマ－125,9128
非ポリマー3,01116
水14,664814
1
A: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
E: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2316
ポリマ－31,4782
非ポリマー7534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-7.5 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
2
B: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
F: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2316
ポリマ－31,4782
非ポリマー7534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-7.8 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
3
C: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
G: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2316
ポリマ－31,4782
非ポリマー7534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-10.6 kcal/mol
Surface area14880 Å2
手法PISA
4
D: N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE
H: TEICOPLANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2316
ポリマ－31,4782
非ポリマー7534
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.775, 70.713, 76.313
Angle α, β, γ (deg.)113.89, 108.29, 98.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
N-ACYL GLM PEUDO-TEICOPLANIN DEACETYLASE / PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN TCP14


分子量: 30270.990 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACTINOPLANES TEICHOMYCETICUS (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6ZZJ1
#2: タンパク質・ペプチド
TEICOPLANIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 1206.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) NONOMURAEA SP. ATCC 39727 (バクテリア)
参照: Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid

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糖 , 3種, 12分子

#3: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / 参照: Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 参照: Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / beta-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / D-GLUCOSAMINE / β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / 参照: Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 818分子

#6: 化合物
ChemComp-T55 / 8-METHYLNONANOIC ACID / 8-メチルノナン酸


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / 参照: Teicoplanin A2-2 beta-D-Glucopyranuronic acid
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 164 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 164 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 164 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 164 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 164 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 164 TO ASN TEICPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. HERE, TEICPLANIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND 4 LIGANDS (HET). GROUP: 1 NAME: TEICPLANIN CHAIN: E, F, G, H COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 701 TO 707 COMPONENT_2: SUGAR RESIDUES 708, 709 AND 710 COMPONENT_3: FATTY ACID RESIDUE 711 DESCRIPTION: TEICPLANIN IS A TETRACYCLIC HEPTAPEPTIDE GLYCOSYLATED BY THREE MONOSCCARIDES, RESIDUES 708, 709 AND 710, ON RESIDUES 707, 706 AND 704, RESPECTIVELY. THE FATTY ACID IS LINKED TO THE BETA-D-GLUCOSAMINE (RESIDUE 710)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 101452 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 36.14
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.306 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 5379 5 %RANDOM
Rwork0.20075 ---
obs0.20256 101452 95.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20.07 Å2-0.06 Å2
2--0.7 Å20.55 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8377 0 188 814 9379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0218816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3222.01812068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2851022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75923.286420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.397151253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0651577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0216925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4891.55164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42328280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.73733652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5694.53788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 383 -
Rwork0.25 7381 -
obs--94.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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