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万見
- PDB-2xa6: Structural basis for homodimerization of the Src-associated durin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xa6
タイトルStructural basis for homodimerization of the Src-associated during mitosis, 68 kD protein (Sam68) Qua1 domain
要素KH DOMAIN-CONTAINING\,RNA-BINDING\,SIGNAL TRANSDUCTION-ASSOCIATED PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION / STAR PROTEINS / CD44 / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / protein tyrosine kinase binding ...regulation of RNA export from nucleus / Grb2-Sos complex / PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / positive regulation of RNA export from nucleus / poly(A) binding / poly(U) RNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / protein tyrosine kinase binding / SH2 domain binding / SH3 domain binding / mRNA processing / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / T cell receptor signaling pathway / spermatogenesis / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sam68, tyrosine-rich domain / KHDRBS, Qua1 domain / Qua1 domain / Tyrosine-rich domain of Sam68 / KH domain-containing BBP-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
KH domain-containing, RNA-binding, signal transduction-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / CYANA, ARIA
データ登録者Meyer, N.H. / Tripsianes, K. / Vincendeaux, M. / Madl, T. / Kateb, F. / Brack-Werner, R. / Sattler, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for homodimerization of the Src-associated during mitosis, 68-kDa protein (Sam68) Qua1 domain.
著者: Meyer, N.H. / Tripsianes, K. / Vincendeau, M. / Madl, T. / Kateb, F. / Brack-Werner, R. / Sattler, M.
履歴
登録2010年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KH DOMAIN-CONTAINING\,RNA-BINDING\,SIGNAL TRANSDUCTION-ASSOCIATED PROTEIN 1
B: KH DOMAIN-CONTAINING\,RNA-BINDING\,SIGNAL TRANSDUCTION-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2212
ポリマ－9,2212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド KH DOMAIN-CONTAINING\,RNA-BINDING\,SIGNAL TRANSDUCTION-ASSOCIATED PROTEIN 1 / SAM68 / P21 RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN-ASSOCIATED P62 / GAP-ASSOCIATED TYROSINE PHOSPHOPROTEIN ...SAM68 / P21 RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN-ASSOCIATED P62 / GAP-ASSOCIATED TYROSINE PHOSPHOPROTEIN P62 / SRC-ASSOCIATED IN MITOSIS 68 KDA PROTEIN / P68


分子量: 4610.261 Da / 分子数: 2 / 断片: QUA1, RESIDUES 97-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM11 ZZ SAM68 QUA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07666
配列の詳細SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL AMINO ACIDS GA AT THE N- TERMINUS, WHICH ARE DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C-
12115N-EDITED NOESY
231HNCO
241HN(CA)CB
251HN(CO)CACB
361HCC(H)-TOCSY
47114N/12C- FILTERED / 13C-
48115N- EDITED NOESY
591HNCO
5101HSQC (RDC)
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% WATER, 10% D2O
290% WATER, 10% D2O
390% WATER, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM6.51.0 atm298.0 K
2100 mM6.51.0 atm298.0 K
3100 mM6.51.0 atm298.0 K
4100 mM6.51.0 atm298.0 K
5100 mM6.51.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9004
Bruker ALBrukerAL7505

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIAJP.LINGE,MA.WILLIAMS,CA.SPRONK,AM.BONVIN,M. NILGES精密化
NMRPipe構造決定
Sparky構造決定
CYANA構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: CYANA, ARIA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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