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- PDB-2x8t: Crystal Structure of the Abn2 H318A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8t
タイトルCrystal Structure of the Abn2 H318A mutant
要素ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily ...Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / : / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2 / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者deSanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / de Sa-Nogueira, I. / Bento, I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: New Evidence for the Role of Calcium in the Glycosidase Reaction of Gh43 Arabinanases.
著者: De Sanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / De Sa-Nogueira, I. / Bento, I.
履歴
登録2010年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年9月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE
B: ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,26312
ポリマ－105,5722
非ポリマー69110
水8,809489
1
A: ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0725
ポリマ－52,7861
非ポリマー2864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1917
ポリマ－52,7861
非ポリマー4056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.800, 57.370, 85.480
Angle α, β, γ (deg.)82.10, 88.21, 63.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ENDO-ALPHA-1,5-ARABINANASE


分子量: 52786.117 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: B3FRL6, UniProt: P42293*PLUS, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase

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非ポリマー , 7種, 499分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 318 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 318 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 65% MPD 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→46.5 Å / Num. obs: 76283 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X8F

2x8f


解像度: 1.79→31.79 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 3664 5.1 %
Rwork0.158 --
obs0.16 72418 92.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.18 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0122 Å20.6967 Å2-2.2925 Å2
2---2.497 Å2-3.5842 Å2
3---3.5092 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6999 0 39 489 7527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18510059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8652652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7933-1.81370.29681470.24692402X-RAY DIFFRACTION47
1.8137-1.8350.23221810.21133448X-RAY DIFFRACTION67
1.835-1.85740.25851850.21243878X-RAY DIFFRACTION73
1.8574-1.88090.25152080.21434168X-RAY DIFFRACTION82
1.8809-1.90560.25572730.20864866X-RAY DIFFRACTION94
1.9056-1.93180.26152340.18744989X-RAY DIFFRACTION95
1.9318-1.95930.22362380.18674847X-RAY DIFFRACTION94
1.9593-1.98860.22092660.18315070X-RAY DIFFRACTION95
1.9886-2.01970.21642460.174799X-RAY DIFFRACTION96
2.0197-2.05280.21742310.16465059X-RAY DIFFRACTION96
2.0528-2.08820.19332940.16624876X-RAY DIFFRACTION95
2.0882-2.12610.20052530.1584983X-RAY DIFFRACTION96
2.1261-2.1670.20512760.15284940X-RAY DIFFRACTION96
2.167-2.21120.19612830.15265001X-RAY DIFFRACTION97
2.2112-2.25930.18133190.15814860X-RAY DIFFRACTION96
2.2593-2.31180.21652250.15865051X-RAY DIFFRACTION96
2.3118-2.36960.18262540.14785002X-RAY DIFFRACTION97
2.3696-2.43370.18182700.15914999X-RAY DIFFRACTION97
2.4337-2.50530.20342840.16055008X-RAY DIFFRACTION97
2.5053-2.58610.20392730.16535046X-RAY DIFFRACTION97
2.5861-2.67850.21832460.16224956X-RAY DIFFRACTION97
2.6785-2.78570.19292380.16265015X-RAY DIFFRACTION97
2.7857-2.91230.2022810.15955088X-RAY DIFFRACTION97
2.9123-3.06580.18212490.15215061X-RAY DIFFRACTION97
3.0658-3.25770.15222540.14725017X-RAY DIFFRACTION97
3.2577-3.50890.16082620.12915024X-RAY DIFFRACTION97
3.5089-3.86150.12843190.12155032X-RAY DIFFRACTION97
3.8615-4.4190.13793190.12315008X-RAY DIFFRACTION97
4.419-5.56260.162570.13734997X-RAY DIFFRACTION97
5.5626-31.79710.18862740.17864988X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1745-0.0975-0.05850.3979-0.15390.2029-0.0182-0.03020.0098-0.0094-0.0165-0.0948-0.0040.01430.04760.0326-0.0039-0.00570.0426-0.00280.04720.041210.593730.3744
20.10320.0303-0.10650.11970.00670.1887-0.06120.0460.0034-0.01960.02380.07420.0831-0.04830.0033-0.01530.0140.0035-0.0105-0.0086-0.0302-24.4813-1.015965.8662
30.1310.1322-0.1010.1957-0.06170.1760.04020.00420.0912-0.07820.02270.1316-0.0377-0.0722-0.03620.01440.0402-0.02670.00420.01780.0532-17.661528.893918.8654
40.1909-0.1323-0.01990.19530.08240.1251-0.0072-0.01060.07380.02590.0365-0.07680.00790.024-0.02970.0206-0.00050.00160.0172-0.0110.0311-4.309816.062174.6292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 30:350)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 30:350)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 351:469)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 351:469)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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