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- PDB-2x8s: Crystal Structure of the Abn2 D171A mutant in complex with arabin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8s
タイトルCrystal Structure of the Abn2 D171A mutant in complex with arabinotriose
要素ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase / arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase activity / arabinan catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Lipocalin ...Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase, C-terminal / C-terminal lipocalin-like domain / Lipocalin - #10 / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2 / Extracellular endo-alpha-(1->5)-L-arabinanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者deSanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / de Sa-Nogueira, I. / Bento, I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: New Evidence for the Role of Calcium in the Glycosidase Reaction of Gh43 Arabinanases.
著者: De Sanctis, D. / Inacio, J.M. / Lindley, P.F. / De Sa-Nogueira, I. / Bento, I.
履歴
登録2010年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE
B: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,38519
ポリマ－105,4762
非ポリマー1,90917
水12,448691
1
A: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5867
ポリマ－52,7381
非ポリマー8486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,79912
ポリマ－52,7381
非ポリマー1,06111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.950, 57.985, 85.595
Angle α, β, γ (deg.)96.14, 91.77, 117.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.96281, -0.04159, -0.26695), (-0.0046, 0.99046, -0.13771), (0.27013, -0.13136, -0.95382)
ベクター: 37.6219, -2.32137, 89.19862)

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ENDO-ALPHA-1,5-L-ARABINANASE / ENDO-ALPHA- ARABINANASE


分子量: 52738.098 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: B3FRL6, UniProt: P42293*PLUS, arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinanase
#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a211h-1a_1-4]/1-1-1/a5-b1_b5-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 8種, 706分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 171 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 171 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.06725
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→84.8 Å / Num. obs: 133640 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X8F

2x8f


解像度: 1.5→24.595 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 14.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1666 6372 4.96 %
Rwork0.1473 --
obs0.1482 128476 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.573 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6998 0 119 691 7808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40310165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5912735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1261030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.22922200.19614195X-RAY DIFFRACTION93
1.517-1.53490.20872360.194190X-RAY DIFFRACTION94
1.5349-1.55360.21181930.17894162X-RAY DIFFRACTION93
1.5536-1.57330.19552250.16894210X-RAY DIFFRACTION95
1.5733-1.5940.19142130.1644213X-RAY DIFFRACTION93
1.594-1.61580.19692220.16614235X-RAY DIFFRACTION95
1.6158-1.63890.18852030.1614184X-RAY DIFFRACTION94
1.6389-1.66330.18772090.15274286X-RAY DIFFRACTION95
1.6633-1.68930.18932440.14724188X-RAY DIFFRACTION94
1.6893-1.7170.17122200.14124231X-RAY DIFFRACTION96
1.717-1.74660.14352340.13084266X-RAY DIFFRACTION95
1.7466-1.77840.14932190.13724238X-RAY DIFFRACTION96
1.7784-1.81260.16822140.13584268X-RAY DIFFRACTION95
1.8126-1.84950.15812270.1364245X-RAY DIFFRACTION95
1.8495-1.88970.15072340.13524251X-RAY DIFFRACTION96
1.8897-1.93370.14542420.13474281X-RAY DIFFRACTION96
1.9337-1.9820.16292050.12964299X-RAY DIFFRACTION96
1.982-2.03560.1652220.13324292X-RAY DIFFRACTION97
2.0356-2.09550.15052500.13264271X-RAY DIFFRACTION97
2.0955-2.1630.15821910.13634362X-RAY DIFFRACTION97
2.163-2.24030.15572260.13534331X-RAY DIFFRACTION97
2.2403-2.32990.15142300.144273X-RAY DIFFRACTION97
2.3299-2.43590.17052470.14694312X-RAY DIFFRACTION97
2.4359-2.56420.17881990.15424360X-RAY DIFFRACTION97
2.5642-2.72470.17552340.15784391X-RAY DIFFRACTION98
2.7247-2.93470.15872140.15124356X-RAY DIFFRACTION98
2.9347-3.22950.15722540.1474364X-RAY DIFFRACTION98
3.2295-3.69540.16092340.1334385X-RAY DIFFRACTION98
3.6954-4.65070.13162370.12264384X-RAY DIFFRACTION99
4.6507-24.59840.16512050.14924417X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8195-0.21560.00760.87270.28340.8379-0.0049-0.04710.0083-0.0042-0.03250.0992-0.0121-0.051-00.0428-0.00470.00790.05230.00360.0479-2.1446-10.335831.2645
20.5156-0.0336-0.16560.7048-0.01110.41450.04410.0322-0.1519-0.1318-0.0077-0.20150.10620.1462-00.13390.03480.01350.135-0.01280.145915.7777-28.470919.7325
30.89860.3543-0.10170.6929-0.15130.6372-0.04730.046-0.0151-0.0260.028-0.0376-0.02290.007500.04230.0054-0.00320.03860.00050.036622.78551.19767.1001
40.77680.2822-0.05740.7031-0.02620.219-0.01750.0366-0.096-0.02290.06230.10790.0357-0.035300.0809-0.0031-0.00050.08450.01520.09712.3565-15.815175.6152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 28:350)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 351:470)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 28:350)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 351:470)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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