PDB-2x8l: Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x8l

タイトル

Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase apo structure

要素

L-LACTATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NAD / PYRUVATE / GLYCOLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Apo Crystal Structure of Plasmodium Falciparum Lactate Dehydrogenase
著者: Birkinshaw, R.W. / Brady, R.L.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x8l.cif.gz	84.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x8l.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x8l_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x8l_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	2x8l_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	2x8l_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/2x8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t24S 1ceq 1cet 1ldg 1t25 1t26 1t2c 1t2d 1t2e 1u4o 1u4s 1u5a 1u5c 1xiv 2a94 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b7u-d 7bya-d 4lmr-1 6vdi-1 4q3n-1 4cl3-1 1u4s-1 4plh-d 7aob-d 1ceq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (9) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.120, 85.410, 91.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2187- HOH

#1: タンパク質	L-LACTATE DEHYDROGENASE / LDH-P 分子量: 34977.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 解説: MALARIA PARASITE / プラスミド: PKK223 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q27743, UniProt: Q71T02*PLUS, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MPD, HEPES, IMIDAZOLE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→62.5 Å / Num. obs: 41592 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 12.411 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T24

1t24

解像度: 1.6→62.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 3.12 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES RESIDUAL ONLY. THE ACTIVE SITE LOOP IS DISORDERED (NOT OBSERVED) AND HAS BEEN OMITTED FROM THE MODEL ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1674	2087	5 %	RANDOM
R_work	0.1357	-	-	-
obs	0.13726	39452	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 4.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→62.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	6	318	2686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.961	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.04	3	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.894	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.336	25.769	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.319	15	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.376	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	1.5	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.345	1.5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.343	2	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.356	3	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.566	4.5	817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.603→1.645 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	153	-
R_work	0.225	2888	-
obs	-	-	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.587	-0.0687	-0.151	5.9553	-1.1354	5.9001	0.0961	-0.1181	-0.0086	0.1847	0.0213	0.3099	0.0921	-0.1606	-0.1174	0.0169	0.0113	-0.0024	0.0547	-0.0266	0.0353	-0.138	14.9765	14.4989
2	2.0526	0.5968	0.4729	0.972	-0.1187	1.7352	0.0185	-0.048	0.044	0.0325	-0.0113	0.0116	-0.0667	-0.0297	-0.0072	0.0305	0.0059	0.0091	0.0249	-0.0026	0.0172	-5.7867	15.2163	8.4725
3	2.4764	-1.7688	0.1461	4.1807	0.9262	3.8697	-0.027	-0.3258	0.0224	0.1959	0.0299	0.0294	-0.0352	-0.309	-0.0028	0.0504	-0.0173	0.028	0.0768	-0.0188	0.0573	-3.7218	18.7669	20.8736
4	6.5684	7.2982	-1.0479	17.9784	-4.1509	5.8399	-0.1408	0.3137	0.4844	-0.2411	0.0541	-0.1395	-0.6004	0.1948	0.0867	0.1094	0.0079	-0.0116	0.092	0.018	0.0918	9.1505	25.6567	13.5723
5	15.8902	-2.4606	4.4874	11.7401	-15.27	20.0725	-0.0701	0.9062	1.403	-0.2999	-0.4102	-0.4086	0.2488	0.6019	0.4803	0.3033	-0.0271	0.1724	0.0973	0.0507	0.3797	18.3152	34.5356	12.6706
6	4.8407	4.1091	-4.4166	7.1184	-3.6394	4.8765	0.1718	-0.0963	0.2905	0.2117	-0.0841	0.0776	-0.37	-0.0384	-0.0877	0.0987	-0.0065	-0.0196	0.0674	-0.0445	0.0799	9.7543	26.9142	23.4567
7	4.736	1.5895	-1.3589	2.3067	-0.461	1.8559	0.0215	-0.1524	0.0888	0.0354	0.0267	0.0032	-0.0069	0.0256	-0.0483	0.0432	0.0064	-0.0067	0.0242	-0.0264	0.0351	12.6641	18.9102	19.7766
8	1.2962	-0.3458	-1.5022	0.8987	1.1393	6.38	0.0153	-0.0366	0.0756	-0.0185	0.0081	-0.0177	-0.0498	-0.0435	-0.0233	0.0057	-0.0031	-0.0112	0.0055	0.0007	0.0429	16.8435	13.79	8.5728
9	1.1195	-0.053	-0.094	1.5179	1.4237	2.0112	-0.0089	-0.0134	0.041	-0.0688	0.0331	-0.1251	-0.0517	0.1143	-0.0242	0.0564	-0.0039	0.0069	0.0334	0.0239	0.0355	25.5243	8.6617	-2.591
10	3.8249	-2.7161	-2.9293	5.7108	3.6733	4.9099	0.0745	0.0186	0.2327	-0.1082	0.0512	-0.3159	-0.0899	0.1915	-0.1257	0.0572	-0.0281	-0.0148	0.0664	0.0343	0.0647	27.7862	15.4556	-8.7989
11	10.9265	-3.8734	3.6144	9.9657	1.1865	9.0641	-0.2422	0.4765	0.6058	-0.1527	0.2106	-0.2076	-0.5377	0.0442	0.0316	0.1036	-0.0262	0.009	0.0627	0.0322	0.1078	14.1335	28.2607	-5.981
12	1.116	-0.4468	0.2081	4.7368	-3.7193	5.9265	0.0066	0.0495	0.0398	0.0238	0.0996	0.1822	-0.1198	-0.0953	-0.1062	0.0035	0.002	-0.0006	0.0414	-0.0182	0.028	8.2127	13.5866	6.2446
13	1.9073	0.456	0.1076	1.3856	0.553	1.0689	0.0358	-0.2127	-0.0943	0.1137	-0.0138	-0.1181	0.0474	0.1049	-0.022	0.0486	0.0046	-0.0076	0.0408	0.0043	0.0263	22.565	8.166	15.6982
14	4.2393	-4.5416	-2.2733	8.3925	3.6237	3.1968	0.0364	-0.099	0.356	0.0235	0.1	-0.3095	-0.1039	0.2142	-0.1363	0.0487	-0.037	-0.021	0.07	-0.0176	0.066	30.4785	22.395	13.3349
15	4.8198	9.3528	-11.6363	18.1511	-22.58	28.0988	-0.1376	-0.6554	-0.6613	-0.1273	-1.3669	-1.2626	0.1768	1.5548	1.5045	0.4927	-0.0459	-0.2587	0.3682	-0.0106	0.3818	19.7234	40.9631	23.5223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	101 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	119 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	142 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	170 - 209D
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	210A - 238
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	239 - 246
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	247 - 266
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	267 - 308
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	309 - 331
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	332 - 334

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