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- PDB-2x8j: Intracellular subtilisin precursor from B. clausii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8j
タイトルIntracellular subtilisin precursor from B. clausii
要素(INTRACELLULAR SUBTILISIN ...) x 2
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEASE / INTRACELLULAR PROTEINASE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related ...: / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular subtilisin protease
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CLAUSII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Vedodova, J. / Gamble, M. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of an intracellular subtilisin reveals novel structural features unique to this subtilisin family.
著者: Vevodova, J. / Gamble, M. / Kunze, G. / Ariza, A. / Dodson, E. / Jones, D.D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2010年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Atomic model / Non-polymer description ...Atomic model / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Advisory / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,07420
ポリマ－208,3226
非ポリマー1,75214
水27,0411501
1
C: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
D: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1428
ポリマ－69,4352
非ポリマー7076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
2
E: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
F: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9586
ポリマ－69,4352
非ポリマー5234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-36.4 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
3
A: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
B: INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9746
ポリマ－69,4512
非ポリマー5234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.659, 125.659, 106.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.65661, 0.75401, -0.01814), (0.75237, -0.65649, -0.05433), (-0.05287, 0.02202, -0.99836)64.41478, -34.20237, 35.93203
2given(0.85946, -0.51118, 0.00382), (0.51041, 0.8577, -0.06193), (0.02838, 0.05517, 0.99807)-63.18617, 38.62783, -8.8003

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要素

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INTRACELLULAR SUBTILISIN ... , 2種, 6分子 ACDEFB

#1: タンパク質
INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE / INTRACELLULAR SUBTILISIN


分子量: 34717.746 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THESE CHAINS CONTAIN 1 OXIDISED CYS / 由来: (組換発現) BACILLUS CLAUSII (バクテリア)
解説: ISOLATED FROM A NOVOZYMES STRAIN B. CLAUSII STRAIN -STRAIN NUMBER AVAILABLE ON REQUEST.
プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D0AB41, subtilisin
#2: タンパク質 INTRACELLULAR SUBTILISIN PROTEASE / INTRACELLULAR SUBTILISIN


分子量: 34733.746 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIS CHAIN CONTAINS 2 OXIDISED CYS / 由来: (組換発現) BACILLUS CLAUSII (バクテリア)
解説: ISOLATED FROM A NOVOZYMES STRAIN B. CLAUSII STRAIN -STRAIN NUMBER AVAILABLE ON REQUEST.
プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D0AB41, subtilisin

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非ポリマー , 4種, 1515分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 250 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, SER 250 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, SER 250 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: BASED ON PREVIOUSLY DETERMINED STRUCTURE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 4K GLYCEROL 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 5.9 0.2M SODIUM ACETATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9805
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→108.4 Å / Num. obs: 269002 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.56→1.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WWT

2wwt


解像度: 1.56→75.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.958 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22973 16568 6.2 %RANDOM
Rwork0.18697 ---
obs0.18961 252387 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→75.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13583 0 78 1501 15162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02214261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2151.95919347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5263.00322623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52651898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0224.624599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.136152203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0291581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.22204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3941.59282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4411.53924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.178214829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19234979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8684.54518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.556→1.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 1269 -
Rwork0.339 18653 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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