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- PDB-2x61: Crystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x61
タイトルCrystal structure of the sialyltransferase CST-II in complex with trisaccharide acceptor and CMP
要素ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GTA / GLYCOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase superfamily / Alpha-2,3-sialyltransferase (CST-I) / sialyltransferase cstii, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Alpha-2,3-/2,8-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Kinetic Analysis of Substrate Binding to the Sialyltransferase Cst-II from Campylobacter Jejuni.
著者: Lee, H.J. / Lairson, L.L. / Rich, J.R. / Lameignere, E. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2010年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32011年10月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,22412
ポリマ－60,8072
非ポリマー2,41710
水4,738263
1
A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,80328
ポリマ－121,6144
非ポリマー5,18924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area16150 Å2
ΔGint-59.7 kcal/mol
Surface area42440 Å2
手法PISA
2
B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,09420
ポリマ－121,6144
非ポリマー4,48016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area42460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.665, 117.665, 46.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ALPHA-2,3-/2,8-SIALYLTRANSFERASE / ALPHA-2\ / 3/8-SIALYLTRANSFERASE / SIALYLTRANSFERASE CST-II


分子量: 30403.531 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-258 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAMPYLOBACTER JEJUNI (カンピロバクター)
株: OH4384 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9LAK3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; その他のグリコシル基を移すもの
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CH / N3-PROTONATED CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 324.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O8P
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 222 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 222 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 53 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 222 TO GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 100 MM HEPES5, PH 7.5, 8% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000, AND 5% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: VERTICALLY FOCUSSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 46782 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RO8

1ro8


解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.39 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19752 2368 5.1 %RANDOM
Rwork0.16389 ---
obs0.16553 44408 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.496 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å20 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4077 0 162 263 4502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0682.0025894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6123.0038595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4195486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59824.955222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84815730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.218156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5041.52447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.111.5984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99823934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.55431914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5384.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 161 -
Rwork0.239 3124 -
obs--96.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3057-0.29350.13661.6129-0.64940.7631-0.01290.11260.0252-0.12680.03730.17550.0472-0.0544-0.02430.1022-0.0075-0.01030.1135-0.01180.1339-32.479610.96742.2903
20.69040.9293-0.08982.1569-0.11670.2639-0.0115-0.0331-0.0360.0107-0.0047-0.13090.02430.07910.01620.1050.00920.00150.126-0.00320.1388-13.35857.32326.9471
31.46040.34680.12330.7567-0.03070.08010.0273-0.0150.2104-0.01740.0030.0979-0.0632-0.0094-0.03030.1260.00670.00070.10480.00210.1526-20.835922.07514.8008
49.0994-0.89283.56097.17850.756.5101-0.3838-0.60230.22590.74830.25960.1777-0.33430.05860.12420.15330.04960.03820.1752-0.03990.1059-32.784111.675521.7297
53.9661-0.89180.40182.20680.75892.87850.03490.09820.455-0.06060.015-0.003-0.2060.0136-0.04990.11470.0014-0.00090.08130.0450.1957-19.5628.3557-1.3167
60.8582-0.38040.09530.6193-0.30671.02190.08010.14840.2646-0.08690.03150.2086-0.0043-0.1761-0.11160.11020.0413-0.060.15210.08230.3419-36.589826.5615-4.9866
73.496-1.97661.68272.8113-1.68763.3559-0.2302-0.3674-0.00740.29680.20160.1407-0.0959-0.13180.02850.1312-0.0170.0460.0806-0.02020.1276-30.31291.832915.9238
81.56710.54550.53751.58520.35640.70520.02770.0896-0.3189-0.03110.0299-0.04430.02470.0389-0.05760.09230.0208-0.00310.08820.01970.2154-56.894524.222215.1222
92.8458-0.03150.24760.5322-0.13620.1025-0.0094-0.09920.06940.10010.0080.0483-0.0552-0.00180.00140.12150.00310.00080.10330.0160.1469-60.603643.415219.791
101.0009-0.4611-0.16381.55920.41370.15530.0055-0.0533-0.24370.08650.0070.19280.0392-0.0282-0.01250.0952-0.01390.00160.11120.03220.2012-72.262532.313216.9731
113.25483.21380.86887.24875.07647.1180.2352-0.6-0.11910.7188-0.39120.27710.111-0.41030.1560.23590.0196-0.00150.2320.10770.2441-57.531622.735933.3844
123.52020.4206-0.75445.3602-2.77127.4091-0.02170.0041-0.4483-0.02460.01340.50910.2955-0.39510.00830.0657-0.02460.00520.0567-0.00780.2819-78.907631.516112.716
131.81030.62520.89411.35510.31161.00880.09930.0422-0.46440.03010.0138-0.03280.23770.0749-0.11310.09670.0185-0.00560.03530.03760.2286-61.368420.229915.6272
1415.2684-1.0635-2.10610.9809-1.45713.1395-0.3971-0.7938-0.05540.24980.37020.0217-0.2694-0.49120.02690.502-0.04350.25040.4778-0.10570.4475-53.355743.562532.1831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3A114 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4A167 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5A189 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6A211 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7A235 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9B78 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10B114 - 163
11X-RAY DIFFRACTION11B164 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12B189 - 205
13X-RAY DIFFRACTION13B206 - 253
14X-RAY DIFFRACTION14B254 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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