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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x45 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Arg r 1 in complex with histamine | ||||||
![]() | ALLERGEN ARG R 1 | ||||||
![]() | ALLERGEN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paesen, G.C. / Siebold, C. / Syme, N. / Harlos, K. / Graham, S.C. / Hilger, C. / Homans, S.W. / Hentges, F. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Allergen Arg R 1, a Histamine-Binding Lipocalin from a Soft Tick 著者: Paesen, G.C. / Siebold, C. / Syme, N. / Harlos, K. / Graham, S.C. / Hilger, C. / Homans, S.W. / Hentges, F. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 218.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15521.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HSM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 30% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1 M TRIS.HCL, PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 79040 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2X46 解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.134 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.109 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
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拘束条件 |
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