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万見
- PDB-2x38: The crystal structure of the murine class IA PI 3-kinase p110delt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x38
タイトルThe crystal structure of the murine class IA PI 3-kinase p110delta in complex with IC87114.
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / ISOFORM-SPECIFIC INHIBITORS / CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / B cell homeostasis / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / cell migration / kinase activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / cell differentiation / inflammatory response / phosphorylation / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IC8 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Berndt, A. / Miller, S. / Williams, O. / Lee, D.D. / Houseman, B.T. / Pacold, J.I. / Gorrec, F. / Hon, W.-C. / Liu, Y. / Rommel, C. ...Berndt, A. / Miller, S. / Williams, O. / Lee, D.D. / Houseman, B.T. / Pacold, J.I. / Gorrec, F. / Hon, W.-C. / Liu, Y. / Rommel, C. / Gaillard, P. / Ruckle, T. / Schwarz, M.K. / Shokat, K.M. / Shaw, J.P. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: The P110D Structure: Mechanisms for Selectivity and Potency of New Pi(3)K Inhibitors
著者: Berndt, A. / Miller, S. / Williams, O. / Lee, D.D. / Houseman, B.T. / Pacold, J.I. / Gorrec, F. / Hon, W.-C. / Liu, Y. / Rommel, C. / Gaillard, P. / Ruckle, T. / Schwarz, M.K. / Shokat, K.M. ...著者: Berndt, A. / Miller, S. / Williams, O. / Lee, D.D. / Houseman, B.T. / Pacold, J.I. / Gorrec, F. / Hon, W.-C. / Liu, Y. / Rommel, C. / Gaillard, P. / Ruckle, T. / Schwarz, M.K. / Shokat, K.M. / Shaw, J.P. / Williams, R.L.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年2月2日ID: 2WXE
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2212
ポリマ－107,8241
非ポリマー3971
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.420, 64.660, 116.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT DELTA ISOFORM / PI3-KINASE P110 SUBUNIT DELTA / PTDINS-3-KINASE P110 / P110DELTA / PI3K


分子量: 107823.664 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 106-1044 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC HTA / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3UDT3, UniProt: O35904*PLUS, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-IC8 / 2-[(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)METHYL]-5-METHYL-3-(2-METHYLPHENYL)QUINAZOLIN-4(3H)-ONE / IC-87114


分子量: 397.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8
詳細: 20% (V/V) GLYCEROL, 10% (V/V) PEG 4K, 30 MM NANO3, 30 MM NA2HPO4, 30 MM (NH4)2SO4, 100 MM IMIDAZOLE PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.89 Å / Num. obs: 51811 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.53 % / Biso Wilson estimate: 37.612 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.92
反射 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0046精密化
iMOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RD0

2rd0


解像度: 2.2→56.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 14.695 / SU ML: 0.173 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27719 1578 3 %RANDOM
Rwork0.23852 ---
obs0.2397 50232 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20.04 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6633 0 30 40 6703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.9699203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4485813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04723.956316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.653151231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.91541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.23187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24696
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2820.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.54097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99826586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63432720
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5274.52617
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 107 -
Rwork0.259 3715 -
obs--97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37720.08571.26851.02460.10553.8288-0.05050.18020.3386-0.04560.0398-0.0463-0.6501-0.11280.01060.2680.09330.00320.09980.0470.25-14.00833.52920.337
24.35080.32611.50412.5479-0.48284.23430.2865-0.1055-0.32620.2502-0.0639-0.3227-0.13470.8912-0.22260.23610.0293-0.08070.3622-0.03250.35119.17826.39638.14
33.1619-0.2403-1.51661.85180.94995.90530.02910.99080.3258-0.163-0.00360.247-0.2142-2.2071-0.02540.17340.3048-0.02541.38950.13950.2101-48.84324.78415.295
42.57-0.1213-1.06890.72140.0632.55120.0005-0.1880.26950.16120.05870.1663-0.4911-0.6588-0.05910.21350.24460.0140.36650.0230.2011-31.9526.83833.693
50.8413-0.0688-0.46521.3861-0.38893.0914-0.0520.0813-0.10610.0990.0360.04110.3875-0.23610.01610.091-0.0015-0.01880.048-0.02710.0734-11.2762.31730.777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A109 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2A190 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3A317 - 494
4X-RAY DIFFRACTION4A511 - 677
5X-RAY DIFFRACTION5A678 - 1027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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