PDB-2x1h: Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x1h

タイトル

Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex with raloxifene

要素

ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PEROXISOME

機能・相同性

機能・相同性情報

13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / : / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / negative regulation of fat cell differentiation / peroxisome / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Shafqat, N. / Yue, W.W. / Pike, A.C.W. / Niesen, F. / Ugochukwu, E. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Mgc45594 Gene Product in Complex with Raloxifene
著者: Shafqat, N. / Yue, W.W. / Pike, A.C.W. / Niesen, F. / Ugochukwu, E. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.

履歴

登録	2009年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x1h.cif.gz	276.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x1h.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x1h_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x1h_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	2x1h_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	2x1h_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wekS 2c0c 2x7h S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q6w-1 2wek-2 2x7h-1 2c0c-2 1qwr-2 1e7r-d 3kn5-1 1mdr-d 2x7h-2 5d57-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.650, 52.040, 75.440
Angle α, β, γ (deg.)	94.32, 91.44, 102.24
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 283:361 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 283:361 )
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 22:272 )
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 22:272 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / MGC45594 GENE PRODUCT 分子量: 38722.387 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q8N4Q0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-X1H / [6-HYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-1-BENZOTHIOPHEN-3-YL](4-METHOXYPHENYL)METHANONE 分子量: 376.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₆O₄S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.6M NA MALONATE PH7.0, 1% W/V JEFFAMINE ED 2001, 0.1M HEPES PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40.5 Å / Num. obs: 64609 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WEK

2wek

解像度: 1.75→40.5 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	3282	5.1 %
R_work	0.2084	-	-
obs	0.2102	64588	92.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.635 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6985 Å²	-0.7626 Å²	-0.3936 Å²
2-	-	2.0445 Å²	0.0408 Å²
3-	-	-	-0.3459 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→40.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4999	0	217	582	5798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.731	7329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.512	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.13	845
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	918

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	598	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	598	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
2	1	A	1817	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1817	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7761	0.3671	141	0.3232	2654	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7761-1.8039	0.3656	141	0.3038	2698	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8039-1.8335	0.3107	141	0.2764	2678	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8335-1.8651	0.3057	132	0.2537	2695	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8651-1.899	0.2876	143	0.2425	2619	X-RAY DIFFRACTION	93
1.899-1.9355	0.2607	153	0.2336	2733	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9355-1.975	0.2956	150	0.2218	2610	X-RAY DIFFRACTION	93
1.975-2.018	0.2681	136	0.2184	2689	X-RAY DIFFRACTION	93
2.018-2.0649	0.2622	122	0.2221	2665	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0649-2.1165	0.2682	135	0.2077	2719	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1165-2.1738	0.2409	152	0.2147	2661	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1738-2.2377	0.2579	146	0.1985	2659	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2377-2.3099	0.2299	142	0.1956	2681	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3099-2.3925	0.2682	156	0.1977	2640	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3925-2.4883	0.2518	125	0.2046	2735	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4883-2.6015	0.2283	145	0.2017	2679	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6015-2.7386	0.2396	155	0.209	2638	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7386-2.9102	0.2559	135	0.2036	2666	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9102-3.1348	0.2167	148	0.2047	2643	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1348-3.4501	0.2307	152	0.1922	2590	X-RAY DIFFRACTION	90
3.4501-3.949	0.1833	134	0.1794	2532	X-RAY DIFFRACTION	88
3.949-4.9739	0.1907	156	0.1655	2598	X-RAY DIFFRACTION	91
4.9739-40.511	0.1957	142	0.1854	2824	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1858	-0.0554	-0.0053	0.1415	-0.151	0.0892	-0.0204	0.1179	0.0948	-0.0407	0.0142	0.0217	-0.1073	0.036	-0.0001	0.0644	-0.0222	-0.0102	0.0825	0.0235	0.0722	-10.8904	7.2564	-5.5542
2	0.311	-0.0331	-0.0916	0.125	-0.1059	0.0352	-0.0231	0.0128	-0.0252	-0.007	0.0063	0.021	0.0392	0.0077	0	0.0464	0.0012	-0.0043	0.0232	-0.009	0.0524	-16.4619	-18.3926	9.0949
3	0.0122	0.0423	-0.0051	0.2398	-0.0697	0.1357	0.0089	0.0988	-0.0227	0.0538	0.0089	0.0555	-0.0727	-0.0572	-0.0012	0.0154	0.0024	0.0093	0.0224	0.0011	0.0455	-30.0013	-11.8484	12.6929
4	0.1451	-0.0596	-0.173	0.1108	0.0212	0.3372	0.0645	-0.0904	-0.0053	0.0348	-0.0119	0.0828	-0.1177	0.218	0.0205	0.0312	0.0092	-0.0022	0.0391	-0.0049	0.0869	-6.5185	-3.9635	9.8806
5	0.2048	0.1378	-0.0537	0.1026	-0.0248	0.0503	-0.0035	0.1893	-0.1397	-0.153	0.0011	-0.0061	0.1183	-0.0818	-0.0302	0.0962	-0.0083	0.0171	0.1073	-0.0129	0.0118	-13.8278	-8.6081	-11.4532
6	0.684	0.2373	-0.4998	0.3945	0.1471	0.6924	-0.0406	-0.1441	-0.2205	0.0519	0.0176	-0.0524	0.2875	-0.0278	-0.1617	0.1236	0.0125	-0.0079	0.055	0.037	0.0949	-40.3846	-15.75	-28.4305
7	0.2127	0.1092	-0.1113	0.3094	0.0072	0.37	0.0053	-0.0774	0.1115	0.0564	-0.0066	0.0132	-0.1644	0.1341	-0.0011	0.0849	-0.0132	0.0015	0.0417	-0.0069	0.0452	-33.1193	10.237	-41.4981
8	0.0055	0.0692	0.0067	0.0937	0.0528	0.0164	0.0579	-0.1014	-0.0159	-0.0281	-0.0493	-0.0438	0.0626	0.0298	0.0002	0.0635	0.0074	-0.0014	0.0493	-0.0021	0.0477	-34.0004	2.2067	-54.7373
9	0.07	0.0065	-0.0989	0.1086	-0.0487	0.0901	-0.0119	-0.1746	-0.1439	-0.1072	0.0615	-0.0372	-0.1159	0.3547	-0.0416	0.0578	0.0011	-0.0137	0.1466	0.0076	0.0416	-26.2862	-2.6678	-31.467
10	0.111	0.0191	-0.0075	0.1643	-0.0882	0.2047	0.0445	-0.1791	0.1043	0.0373	-0.0104	0.1585	-0.1033	-0.3061	0.0009	0.0714	0.019	0.0459	0.1414	-0.0093	0.0978	-49.3344	-1.1832	-30.0693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 22:141)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 142:242)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 243:293)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 294:321)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 322:362)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 22:141)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 142:242)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 243:293)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 294:321)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 322:362)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)