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万見
- PDB-2x13: The catalytically active fully closed conformation of human phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x13
タイトルThe catalytically active fully closed conformation of human phosphoglycerate kinase in complex with ADP and 3phosphoglycerate
要素PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
キーワードTRANSFERASE / TRANSITION STATE ANALOGUE / HEREDITARY HEMOLYTIC ANEMIA / ATP-BINDING / KINASE / GLYCOLYSIS / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis ...Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / cellular response to hypoxia / membrane raft / phosphorylation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Bowler, M.W. / Cliff, M.J. / Marston, J.P.M. / Baxter, N.J. / Hownslow, A.M.H. / Varga, A.V. / Szabo, J. / Vas, M. / Blackburn, G.M. / Waltho, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Human Phosphoglycerate Kinase in its Fully Active Conformation with Ground State Analogues
著者: Bowler, M.W. / Cliff, M.J. / Marston, J.P.M. / Baxter, N.J. / Hownslow, A.M.H. / Varga, A.V. / Szabo, J. / Vas, M. / Blackburn, G.M. / Waltho, J.P.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1794
ポリマ－44,5411
非ポリマー6383
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.940, 91.440, 108.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLYCERATE KINASE 1 / PRIMER RECOGNITION PROTEIN 2 / PRP 2 / CELL MIGRATION-INDUCING GENE 10 PROTEIN


分子量: 44541.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00558, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.28 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1M BIS/TRIS PH 6.5 21% P2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日 / 詳細: GE 211
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→20 Å / Num. obs: 40002 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WZB

2wzb


解像度: 1.74→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.948 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2014 5 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.18695 37940 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3063 0 39 277 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9944293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86535339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9315414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.15125.714119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1315581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0321511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.571.52029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1611.5840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01823252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7531147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8614.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.739→1.784 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 148 -
Rwork0.258 2676 -
obs--94.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1888-0.97670.88983.4287-0.73213.0901-0.2373-0.28250.14840.57760.2038-0.0185-0.2843-0.2320.03350.12470.0282-0.00520.0655-0.01970.01133.3773.526-5.312
21.1674-0.46530.31411.3721-0.48611.37110.00950.0080.016-0.0902-0.02580.0724-0.0088-0.07380.01630.0106-0.00130.00030.0472-0.01350.046-5.65210.299-31.767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2A190 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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