PDB-2x12: pH-induced modulation of Streptococcus parasanguinis adhesion by ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x12

タイトル

pH-induced modulation of Streptococcus parasanguinis adhesion by Fap1 fimbriae

要素

FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1

キーワード

CELL ADHESION / BIOFILM / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus / cell adhesion / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PARASANGUINIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ramboarina, S. / Murray, J.W. / Garnett, J. / Matthews, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into Serine-Rich Fimbriae from Gram-Positive Bacteria.
著者: Ramboarina, S. / Garnett, J.A. / Zhou, M. / Li, Y. / Peng, Z. / Taylor, J.D. / Lee, W.-C. / Bodey, A. / Murray, J.W. / Alguel, Y. / Bergeron, J. / Bardiaux, B. / Sawyer, E. / Isaacson, R. / ...

履歴

登録	2009年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x12.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x12.ent.gz	134.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x12_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x12_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	2x12_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2x12_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x12	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kubC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uvp-1 4hue-2 2ql6-10 6qf6-1 2qt0-d 2ql6-12 4pm9-d 3le7-1 6th0-1 5jrx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1

B: FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1

74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.668, 108.668, 126.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	253 - 452
2	1	1	1	B	253 - 452

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9818, 0.1886, -0.02117), (0.1885, -0.9821, -0.00381), (-0.02151, -0.00025, -0.9998)
ベクター: -6.824, 72.61, 6.229)

#1: タンパク質	FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1 / FAP1 分子量: 37264.195 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA DOMAIN, RESIDUES 174-505 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PARASANGUINIS (バクテリア) 株: FW213 / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9ZFF9, UniProt: A1C3L3*PLUS

#1: タンパク質

FIMBRIAE-ASSOCIATED PROTEIN FAP1 / FAP1

分子量: 37264.195 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA DOMAIN, RESIDUES 174-505 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STREPTOCOCCUS PARASANGUINIS (バクテリア)
株: FW213 / プラスミド: PRSETA / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9ZFF9, UniProt: A1C3L3*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 76 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES PH 8.0, 11% (W/V) PEG 6K, 10 MM SPERMINE-TETRA HCL HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→47.04 Å / Num. obs: 19567 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.58 % / B_iso Wilson estimate: 65.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.19
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.88 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0104	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→38.405 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 26.334 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2505	1003	5.12 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.213	19543	99.821 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.895 Å²	1.948 Å²	-0 Å²
2-	-	3.895 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2988	0	0	0	2988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.816	1.945	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.114	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.02	25.5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.296	15	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.228	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.203	0.2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.158	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.572	1.5	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.128	2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.822	3	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.157	4.5	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2462 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.05	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.09	0.5
2	B	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	81	-
R_work	0.348	1343	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4641	-0.6526	-1.047	4.2097	0.5743	8.6971	0.027	-0.0013	0.2693	-0.318	0.0279	-0.0545	-0.7073	0.5759	-0.0549	0.2485	-0.1546	-0.0037	0.2285	0.0752	0.1078	-43.6313	23.3093	-1.0811
2	1.5413	-0.2993	-1.0476	2.0449	-0.8571	6.8444	-0.124	0.143	0.1033	-0.2843	0.1128	-0.1917	0.1142	0.6665	0.0112	0.1298	-0.0289	0.0347	0.2282	-0.0041	0.1238	-40.2277	12.2273	6.0187
3	2.0566	-0.4476	0.35	3.748	-1.7744	8.2206	-0.0132	0.0704	0.0611	-0.3957	0.0182	0.2709	-0.3992	-0.2994	-0.0051	0.1883	-0.0823	0.0153	0.1834	-0.0145	0.1084	-49.1537	18.7191	1.9589
4	2.1845	1.0252	-0.3078	3.6344	0.275	6.9849	0.0615	-0.2062	-0.1201	0.2849	-0.1871	-0.0658	0.4426	-0.0586	0.1256	0.2232	0.049	0.0488	0.1929	0.0467	0.1098	-44.7875	41.6912	7.024
5	2.1757	0.1505	-0.3681	2.1011	-0.5465	11.1328	0.2508	-0.1122	0.0707	0.3567	-0.0381	0.3074	-0.9447	-0.2355	-0.2127	0.2627	0.0517	0.0599	0.1077	-0.0285	0.1523	-46.2058	54.4501	0.9546
6	2.7845	0.7468	-0.6038	3.2919	-0.7504	9.156	0.047	-0.1343	0.0916	0.3244	-0.0417	0.266	0.256	-0.6034	-0.0053	0.1636	0.0553	0.0683	0.2084	-0.0666	0.1065	-48.8344	46.4403	4.8758

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	236 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 367
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	368 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	236 - 289
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	290 - 347
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	348 - 435

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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