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- PDB-2x0s: 3.0 A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOSOMAL PYRUVATE PHOSPHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x0s
タイトル3.0 A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCOSOMAL PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE FROM TRYPANOSOMA BRUCEI
要素PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / TROPICAL PARASITE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / glycosome / pyruvate metabolic process / kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, C-terminal ...Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Acyl-CoA Binding Protein / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / ATP-grasp fold, A domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate, phosphate dikinase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Cosenza, L.W. / Bringaud, F. / Baltz, T. / Vellieux, F.M.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: The 3.0 A Resolution Crystal Structure of Glycosomal Pyruvate Phosphate Dikinase from Trypanosoma Brucei
著者: Cosenza, L.W. / Bringaud, F. / Baltz, T. / Vellieux, F.M.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Investigation of Glycosomal Pyruvate Phosphate Dikinase from Trypanosoma Brucei
著者: Cosenza, L.W. / Bringaud, F. / Baltz, T. / Vellieux, F.M.D.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Functional and Molecular Characterization of a Glycosomal Ppi-Dependent Enzyme in Trypanosomatids: Pyruvate, Phosphate Dikinase
著者: Bringaud, F. / Baltz, D. / Baltz, T.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2009年12月29日ID: 1H6Z
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ... DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5451
ポリマ－100,5451
非ポリマー00
水64936
1
A: PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE

A: PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0902
ポリマ－201,0902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-21.82 kcal/mol
Surface area76810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.170, 153.500, 65.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE


分子量: 100544.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
株: ANTAT1 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O76283, pyruvate, phosphate dikinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: HANGING DROP, 2 MICROLITER PROTEIN AND 2 MICROLITER PRECIPITANT SOLUTION. PROTEIN SOLUTION. 50 MG/ML, 20 MM IMIDAZOLE PH 7.0, 100 MM NACL, 100 MM MGCL2, 20% (V/V) GLYCEROL. PRECIPITANT ...詳細: HANGING DROP, 2 MICROLITER PROTEIN AND 2 MICROLITER PRECIPITANT SOLUTION. PROTEIN SOLUTION. 50 MG/ML, 20 MM IMIDAZOLE PH 7.0, 100 MM NACL, 100 MM MGCL2, 20% (V/V) GLYCEROL. PRECIPITANT SOLUTION. 0.1 M BICINE PH 8.8, 1.5 % (W/V) PEG 5000 MONOMETHYLETHER, 10 % (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.964
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→24 Å / Num. obs: 24120 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
BIOMOLSCALKB2 KBAPLY CCP4 TRUNCATEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DIK

1dik


解像度: 2.997→23.938 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.62 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 1163 4.8 %
Rwork0.1649 --
obs0.1687 24115 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.101 Å2 / ksol: 0.253 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1816 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.6729 Å20 Å2
3----4.8838 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.997→23.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6935 0 0 36 6971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3459543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4232655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9971-3.13320.35911250.29792548X-RAY DIFFRACTION87
3.1332-3.2980.3311300.26462741X-RAY DIFFRACTION92
3.298-3.5040.34661580.2142803X-RAY DIFFRACTION95
3.504-3.77360.27591390.182889X-RAY DIFFRACTION98
3.7736-4.15160.24871590.1542931X-RAY DIFFRACTION98
4.1516-4.74830.20221720.12532924X-RAY DIFFRACTION99
4.7483-5.9670.20531400.13733005X-RAY DIFFRACTION99
5.967-23.93830.17521400.12863111X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7338-0.8032-0.02491.726-0.05721.0671-0.5428-0.7624-0.26170.23120.0925-0.14330.0192-0.04080.3391-0.0040.1316-0.04750.1716-0.01320.1719-15.238847.956743.5576
20.9601-0.59360.16870.9597-0.91552.0306-0.22390.1209-0.08370.05150.1106-0.0284-0.0066-0.46670.02030.14050.1068-0.12660.1713-0.05220.1664-25.645158.025623.1497
30.8135-0.74030.14791.02130.00540.9054-0.0888-0.04750.0567-0.06970.0507-0.0888-0.07940.07680.06180.0529-0.0051-0.11020.0124-0.00810.14582.172852.957823.7309
41.3774-0.33260.57481.9031-0.3161.91360.40860.2024-0.0873-0.9045-0.3080.2890.1142-0.0275-0.08160.29720.1718-0.34050.27590.1129-0.10855.093445.6315-0.183
50.94680.4012-0.0521.248-0.10790.0059-0.87690.3206-0.0536-0.40230.3842-0.39880.2144-0.2390.23360.4826-0.48350.52740.0353-0.16380.131823.58359.6195.1942
61.31441.0504-0.43481.6275-0.16650.202-0.80690.4343-0.4477-1.19880.5441-0.49650.1102-0.22830.16980.6192-0.48930.34850.1554-0.16750.227617.401-1.46056.0768
71.67790.89160.191.5182-0.74160.6763-0.2054-0.2323-0.0053-0.34450.24140.01970.1572-0.1375-0.07850.0485-0.05-0.04130.12430.01140.11148.217415.219622.1166
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 74:218)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 219:401)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 402:545)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 546:652)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 653:812)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 813:903)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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