+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wyu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High resolution structure of Thermus thermophilus enoyl-acyl carrier protein reductase apo-form | ||||||
要素 | ENOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / OXIDATION REDUCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Otero, J.M. / Noel, A.J. / Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / van Raaij, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2012 タイトル: High-resolution structures of Thermus thermophilus enoyl-acyl carrier protein reductase in the apo form, in complex with NAD+ and in complex with NAD+ and triclosan. 著者: Otero, J.M. / Noel, A.J. / Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Wende, W. / Schierling, B. / Pingoud, A. / van Raaij, M.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wyu.cif.gz | 223.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2wyu.ent.gz | 178.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wyu_validation.pdf.gz | 460.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2wyu_full_validation.pdf.gz | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wyu_validation.xml.gz | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wyu_validation.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28141.432 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 解説: THERMUS THERMOPHILUS DNA OBTAINED FROM PROF. WOLFGANG LIEBL, GOETTINGEN. プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q5SLI9, EC: 1.3.1.10 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 5.4 詳細: 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 100 MM SODIUM CITRATE AT PH 5.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→15 Å / Num. obs: 151147 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ULU 解像度: 1.5→14.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.663 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.282 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→14.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|