PDB-2wyi: Structure of the Streptococcus pyogenes family GH38 alpha-mannosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wyi

タイトル

Structure of the Streptococcus pyogenes family GH38 alpha-mannosidase complexed with swainsonine

要素

ALPHA-MANNOSIDASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / oligosaccharide catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Taylor, E.J. / Zechel, D.L. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structure and Kinetic Investigation of Streptococcus Pyogenes Family Gh38 Alpha-Mannosidase
著者: Suits, M.D.L. / Zhu, Y. / Taylor, E.J. / Zechel, D.L. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2009年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wyi.cif.gz	372.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wyi.ent.gz	296.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wyi_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wyi_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	2wyi_validation.xml.gz	63.3 KB	表示
CIF形式データ	2wyi_validation.cif.gz	89.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wyhSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kbp-d 6mp6-d 6mpb-d 4y8w-d 5vbu-d 5gq9-d 2ji8-1 4nca-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (14) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-MANNOSIDASE

B: ALPHA-MANNOSIDASE

ヘテロ分子

212 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.680, 178.680, 198.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 901
2	1	1	5	B	3 - 901
1	1	2	4	A	1000 - 1001
2	1	2	4	B	1000 - 1001

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ALPHA-MANNOSIDASE / ALPHA-MANNOSIDASE II 分子量: 105241.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 株: M1 GAS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99YP5, alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SWA / 1S-8AB-OCTAHYDRO-INDOLIZIDINE-1A,2A,8B-TRIOL / SWAINSONINE / スウェンソニン分子量: 173.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST 22 RESIDUES ARE A C3 PROTEASE CLEAVABLE AFFINITY TAG (MGSSHHHHHHSSGLEVLFQGPA)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 15 MG/ML 3C CLEAVED SPGH38 MIXED WITH 3% V/V GLYCEROL, 54% V/V TACSIMATE (PH 7.0) AND 2% V/V POLYETHYLENE GLYCOL 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 93181 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2WYH

2wyh

解像度: 2.6→132.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 18.421 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY DISORDERED REGION OF MOLECULES WERE MODELED STEREOCHEMICALLY AGAINST THE APO STRUCTURE (RESIDUES 156- 163). ATOM ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	4888	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	93181	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→132.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14274	0	114	345	14733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	14778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.111	1.949	20061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.724	5	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.958	24.501	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.68	15	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.023	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	11361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.396	1.5	8979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.782	2	14493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.193	3	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.041	4.5	5558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3572	medium positional	0.12	0.5
1	2	B	3572	medium positional	0.12	0.5
2	1	A	13	medium positional	0.16	0.5
2	2	B	13	medium positional	0.16	0.5
1	1	A	3490	loose positional	0.2	5
1	2	B	3490	loose positional	0.2	5
1	1	A	3572	medium thermal	0.35	2
1	2	B	3572	medium thermal	0.35	2
2	1	A	13	medium thermal	0.3	2
2	2	B	13	medium thermal	0.3	2
1	1	A	3490	loose thermal	0.48	10
1	2	B	3490	loose thermal	0.48	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	358	-
R_work	0.266	6786	-
obs	-	-	99.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.731	0.213	0.1368	0.4806	-0.0138	0.6155	0.1001	0.0618	-0.0083	0.0105	-0.1346	-0.0976	0.0949	0.1789	0.0345	0.0431	0.0489	-0.0093	0.1583	0.0531	0.0477	29.5857	-61.3333	13.3467
2	0.6737	0.1355	0.3071	0.5354	0.177	0.9816	-0.0455	0.0926	0.3779	-0.0551	-0.1015	0.082	-0.2933	0.0388	0.147	0.158	-0.0061	-0.0435	0.1393	0.1098	0.2586	18.5605	-23.1757	6.7078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 901
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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