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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wy6 | ||||||
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タイトル | Clostridium perfringens alpha-toxin strain NCTC8237 mutant T74I | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE C | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CYTOLYSIS / HEMOLYSIS / MEMBRANE BINDING / VIRULENCE / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / toxin activity / hydrolase activity / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vachieri, S.G. / Naylor, C.E. / Basak, A.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011 タイトル: Comparison of a Nontoxic Variant of Clostridium Perfringens [Alpha]-Toxin with the Toxic Wild-Type Strain 著者: Vachieri, S.G. / Clark, G.C. / Alape-Giron, A. / Flores-Diaz, M. / Justin, N. / Naylor, C.E. / Titball, R.W. / Basak, A.K. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure of the Key Toxin in Gas Gangrene. 著者: Naylor, C.E. / Eaton, J.T. / Howells, A. / Justin, N. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K. #2: ジャーナル: Microbiol.Immunol. / 年: 1996 タイトル: Threonine-74 is a Key Site for the Activity of Clostridium Perfringens Alpha-Toxin. 著者: Nagahama, M. / Sakurai, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wy6.cif.gz | 225.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wy6.ent.gz | 178.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wy6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wy6_validation.pdf.gz | 465.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wy6_full_validation.pdf.gz | 488.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wy6_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wy6_validation.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wy6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42599.906 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 株: NCTC8237 / プラスミド: PT7BLUE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q0TV31, phospholipase C #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 102 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 102 TO ILE ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.6 詳細: 1 M NA ACETATE, 0,1 M NA-HEPES, PH 7.6, 0.05 M CDSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SILICON (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→29.74 Å / Num. obs: 22436 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 88.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CA1 WITHOUT RESIDUES 75-84 解像度: 3.2→24.914 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.698 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.914 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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