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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wvs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an alpha-L-fucosidase GH29 trapped covalent intermediate from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with 2- fluoro-fucosyl fluoride using an E288Q mutant | ||||||
![]() | ALPHA-L-FUCOSIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA-L-FUCOSE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 29 | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lammerts van Bueren, A. / Ardevol, A. / Fayers-Kerr, J. / Luo, B. / Zhang, Y. / Sollogoub, M. / Bleriot, Y. / Rovira, C. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of the Reaction Coordinate of Alpha-L-Fucosidases: A Combined Structural and Quantum Mechanical Approach 著者: Lammerts Van Bueren, A. / Ardevol, A. / Fayers-Kerr, J. / Luo, B. / Zhang, Y. / Sollogoub, M. / Bleriot, Y. / Rovira, C. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 370.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 509 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51330.137 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 31-473 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-FUF / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 288 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 288 TO GLN ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→30 Å / Num. obs: 91280 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.28 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→97.56 Å
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拘束条件 |
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