PDB-2wvm: H309A mutant of Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Thermus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wvm

タイトル

H309A mutant of Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Thermus thermophilus HB27 in complex with GDP-alpha-D-Mannose and Mg(II)

要素

MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / GT-A FOLD / GLYCOSYLTRANSFERASE / RETAINING MECHANISM / GLUCOSYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosyl-3-phosphoglycerate synthase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.977 Å

データ登録者

Goncalves, S. / Borges, N. / Esteves, A.M. / Victor, B. / Soares, C.M. / Santos, H. / Matias, P.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Analysis of Thermus Thermophilus Hb27 Mannosyl-3-Phosphoglycerate Synthase Provides Evidence for a Second Catalytic Metal Ion and New Insight Into the Retaining Mechanism of Glycosyltransferases.
著者: Goncalves, S. / Borges, N. / Esteves, A.M. / Victor, B. / Soares, C.M. / Santos, H. / Matias, P.M.

履歴

登録	2009年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wvm.cif.gz	161.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wvm.ent.gz	125.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wvm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wvm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2wvm_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	2wvm_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wvm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wvkC 2wvlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zu7-d 2zu8-d 2zu9-d 2wvk-d 4go3-1 1jqi-d 2wvl-d 3ssz-3 6ke0-d 4c9n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE

B: MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.766, 112.766, 199.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.92177, 0.38769, 0.00651), (0.38772, 0.92137, 0.02727), (0.00457, 0.02766, -0.99961)
ベクター: -7.9665, 2.38497, -48.98126)

#1: タンパク質	MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE SYNTHASE 分子量: 43583.699 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q72K30, mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GDD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / GDP-マンノ-ス分子量: 605.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅O₁₆P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 309 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 309 TO ALA

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 30-35% MPD WITH 600 MM ZNCL2 AS AN ADDITIVE, 1-5 MM GDP-ALPHA-D-MANNOSE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.977→48.9 Å / Num. obs: 25598 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.977→3.16 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 80.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WVL

2wvl

解像度: 2.977→98.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 31.001 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.213 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23163	1292	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17355	-	-	-
obs	0.17643	24263	94.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.868 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.977→98.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5880	0	83	15	5978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.995	8262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.6	5	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.324	22.73	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.749	15	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.468	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.656	1.5	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.34	2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.685	3	861
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.622	4.5	820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2338	medium positional	0.3	0.5
2	B	2338	medium positional	0.3	0.5
1	A	589	loose positional	0.64	2.5
2	B	589	loose positional	0.64	2.5
1	A	2338	medium thermal	2.04	2
2	B	2338	medium thermal	2.04	2
1	A	589	loose thermal	1.78	8
2	B	589	loose thermal	1.78	8

LS精密化シェル

解像度: 2.977→3.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	51	-
R_work	0.261	1155	-
obs	-	-	61.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8258	-0.7907	-0.6784	2.3424	-0.2418	4.2687	0.0678	0.1739	0.7306	-0.0767	0.0065	0.1818	-0.6265	-0.6197	-0.0743	0.1594	0.0887	-0.0281	0.0914	0.0215	0.1664	-25.4608	-4.0105	-23.42
2	3.6803	0.1072	-1.6948	1.5122	-0.2976	4.3676	0.1276	-0.3154	0.3135	0.0331	-0.1463	-0.2417	-0.2799	0.8932	0.0186	0.1166	-0.0361	-0.0256	0.1944	0.0245	0.1237	13.8707	-12.0571	-25.7427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 391
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	400
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 391
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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