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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wuy | ||||||
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タイトル | the crystal structure of wild-type baculovirus polyhedra | ||||||
![]() | POLYHEDRIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / MICROCRYSTALS / POLYHEDRA / VIRUS / VIRAL OCCLUSION BODY / VIRAL CAPSID | ||||||
機能・相同性 | Polyhedrin / Polyhedrin / host cell nuclear matrix / viral occlusion body / structural molecule activity / identical protein binding / Polyhedrin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ji, X. / Sutton, G. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: How Baculovirus Polyhedra Fit Square Pegs Into Round Holes to Robustly Package Viruses. 著者: Ji, X. / Sutton, G. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28678.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04871 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 20 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 3329 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 51.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WUX 解像度: 3.09→41.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8823 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.09→41.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.09→3.45 Å / Total num. of bins used: 5
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