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Yorodumi- PDB-2wus: Bacterial actin MreB assembles in complex with cell shape protein RodZ -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wus | ||||||
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Title | Bacterial actin MreB assembles in complex with cell shape protein RodZ | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / CELL WALL MORPHOGENESIS / BACTERIAL CYTOSKELETON / BACTERIAL ACTIN / HELIX-TURN-HELIX MOTIF | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell morphogenesis / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / DNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | THERMOTOGA MARITIMA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | van den Ent, F. / Johnson, C.M. / Persons, L. / deBoer, P. / Lowe, J. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2010 Title: Bacterial Actin Mreb Assembles in Complex with Cell Shape Protein Rodz. Authors: van den Ent, F. / Johnson, C.M. / Persons, L. / deBoer, P. / Lowe, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2wus.cif.gz | 318.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2wus.ent.gz | 261.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2wus.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2wus_validation.pdf.gz | 457.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2wus_full_validation.pdf.gz | 488 KB | Display | |
Data in XML | 2wus_validation.xml.gz | 32 KB | Display | |
Data in CIF | 2wus_validation.cif.gz | 43.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/2wus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/2wus | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1jceS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36799.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) THERMOTOGA MARITIMA (bacteria) / Plasmid: PHIS17 / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: Q9WZ57 #2: Protein | Mass: 13512.406 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: HELIX_TURN_HELIX DOMAIN, RESIDUES 1-104 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) THERMOTOGA MARITIMA (bacteria) / Plasmid: PHIS17 / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: Q9X2H8 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 51 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 12% PEG 1000 MME, 478 MM SODIUM THIOCYANATE, 147 MM CACL2, 100 MM TRIS-HCL, PH 7.7, 6.5% ETOH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9762 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 19032 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 41.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.06 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1JCE Resolution: 2.9→39.256 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.04 / Phase error: 28.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.449 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→39.256 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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