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- PDB-2wus: Bacterial actin MreB assembles in complex with cell shape protein RodZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wus
タイトルBacterial actin MreB assembles in complex with cell shape protein RodZ
要素
  • PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN
  • ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CELL WALL MORPHOGENESIS / BACTERIAL CYTOSKELETON / BACTERIAL ACTIN / HELIX-TURN-HELIX MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis / regulation of cell shape / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix domain / Cell shape determining protein MreB / : / MreB/Mbl protein / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 ...: / Helix-turn-helix domain / Cell shape determining protein MreB / : / MreB/Mbl protein / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell shape-determining protein MreB / HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者van den Ent, F. / Johnson, C.M. / Persons, L. / deBoer, P. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Bacterial Actin Mreb Assembles in Complex with Cell Shape Protein Rodz.
著者: van den Ent, F. / Johnson, C.M. / Persons, L. / deBoer, P. / Lowe, J.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
B: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
R: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN
S: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6244
ポリマ－100,6244
非ポリマー00
水00
1
A: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
R: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3122
ポリマ－50,3122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB
S: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3122
ポリマ－50,3122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.813, 109.836, 112.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB / MREB


分子量: 36799.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9WZ57
#2: タンパク質 PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN / RODZ


分子量: 13512.406 Da / 分子数: 2 / Fragment: HELIX_TURN_HELIX DOMAIN, RESIDUES 1-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9X2H8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12% PEG 1000 MME, 478 MM SODIUM THIOCYANATE, 147 MM CACL2, 100 MM TRIS-HCL, PH 7.7, 6.5% ETOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 19032 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 41.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCE

1jce


解像度: 2.9→39.256 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 1983 5.1 %
Rwork0.1972 --
obs0.2017 19032 90.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.449 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3001 Å2-0 Å20 Å2
2---12.9872 Å20 Å2
3---8.3418 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 0 0 6399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2338715
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1792471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-2.97260.39651480.29082690X-RAY DIFFRACTION93
2.9726-3.05290.36821480.26112775X-RAY DIFFRACTION93
3.0529-3.14270.36451450.24382690X-RAY DIFFRACTION92
3.1427-3.24410.30691410.22592709X-RAY DIFFRACTION92
3.2441-3.360.30451310.21612688X-RAY DIFFRACTION92
3.36-3.49440.3341330.20792704X-RAY DIFFRACTION91
3.4944-3.65340.35131120.19572759X-RAY DIFFRACTION92
3.6534-3.84580.29911280.18662673X-RAY DIFFRACTION91
3.8458-4.08660.28691610.18042658X-RAY DIFFRACTION91
4.0866-4.40170.27441350.14852661X-RAY DIFFRACTION91
4.4017-4.84390.20511730.1282640X-RAY DIFFRACTION91
4.8439-5.54320.21511530.1342644X-RAY DIFFRACTION91
5.5432-6.97740.21961460.16542562X-RAY DIFFRACTION88
6.9774-39.26010.2351290.16932449X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97460.20630.84490.82930.65521.8408-0.0776-0.10910.04090.1516-0.1910.05040.2301-0.06790.09190.18190.03670.02490.15220.01660.033131.619213.532249.164
20.98851.2448-0.01592.48830.08980.9085-0.1034-0.31070.3412-0.256-0.10550.4370.2876-0.05220.22470.25750.1106-0.06310.139-0.06630.132539.6197-1.042735.7104
30.6559-0.5101-0.25431.16720.71330.347-0.0759-0.0302-0.1507-0.15910.08390.1672-0.12390.0744-0.0370.0471-0.00690.03230.11480.0340.063639.062724.997127.3107
40.994-0.1180.87020.8398-0.17831.4321-0.18360.11540.4297-0.259-0.2426-0.3839-0.6106-0.02020.16980.3662-0.01870.11280.06130.16020.1831-2.738436.35544.9029
50.46190.1629-0.02071.88561.31931.0508-0.09190.0120.10750.3743-0.0803-0.11880.1827-0.0953-0.07980.1286-0.0061-0.05940.10060.05640.0584-1.829425.685628.5051
60.7772-0.24630.48221.3454-0.00430.38150.2081-0.19180.01090.309-0.2113-0.3775-0.00140.0691-0.0167-0.0118-0.029-0.00870.16270.02480.095945.130748.118343.6911
70.6291-0.0130.11421.26180.83721.09660.21110.22160.09850.21570.3119-0.69110.06630.0802-0.3320.0730.0515-0.05670.0954-0.05860.28249.80822.033515.5932
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2:32 OR RESID 73:140 OR RESID 312:336 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 33:72 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 141:311 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 4:32 OR RESID 73:140 OR RESID 312:336 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 141:311 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN R
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN S

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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