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- PDB-2wtl: Crystal structure of BfrA from M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wtl
タイトルCrystal structure of BfrA from M. tuberculosis
要素BACTERIOFERRITIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN A / HEME / IRON / BILIVERDIN / IRON STORAGE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Mtb iron assimilation by chelation / response to iron ion / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding ...Mtb iron assimilation by chelation / response to iron ion / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Unknown ligand / Bacterioferritin / Bacterioferritin BfrA
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Gupta, V. / Gupta, R.K. / Khare, G. / Salunke, D.M. / Tyagi, A.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Bfra from Mycobacterium Tuberculosis:Incorporation of Selenomethionine Results in Cleavage and Demetallation of Haem
著者: Gupta, V. / Gupta, R.K. / Khare, G. / Salunke, D.M. / Tyagi, A.K.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,25024
ポリマ－120,5806
非ポリマー67018
水3,063170
1
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,00196
ポリマ－482,32124
非ポリマー2,68172
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area105300 Å2
ΔGint-1051.96 kcal/mol
Surface area122220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.960, 125.960, 175.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

UNX

21A-1002-

UNX

31E-1001-

UNX

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6885, 0.4623, -0.5589), (0.4627, -0.3134, -0.8293), (-0.5585, -0.8295, 0.001878)-49.48, -73.3, -88.22
2given(0.4634, -0.311, -0.8298), (0.6884, -0.4633, 0.5581), (-0.558, -0.8298, -0.000545)-73.25, 49.37, -88.37
3given(0.3145, 0.4633, 0.8285), (0.4624, 0.6875, -0.5599), (-0.829, 0.5592, 0.00201)73.26, -49.53, -88.23
4given(-0.3737, 0.9276, -2.0E-6), (0.9276, 0.3737, 0.001041), (0.000967, 0.000387, -1)-0.01497, 0.1255, -176.6
5given(0.6856, -0.4644, 0.5605), (-0.4656, 0.3121, 0.8281), (-0.5596, -0.8288, -0.00224)49.47, 73.03, -88.64

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要素

#1: タンパク質
BACTERIOFERRITIN / BFR


分子量: 20096.705 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS IS A SELENOMETHIONYL ANALOG OF BFRA FROM M. TUBERCULOSIS (RV1876) WITH MSE31, MSE52, MSE107 AND MSE141 INSTEAD OF M31, M52, M107 AND M141
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 解説: LABORATORY STRAIN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / プラスミド: PET21C-BFRA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63697, UniProt: P9WPQ9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細UNKNOWN ATOM OR ION (UNX): UNKNOWN ION AT 4-FOLD AXIS PLACED WITH 0.25 OCCUPANCY UNKNOWN (UNL): ...UNKNOWN ATOM OR ION (UNX): UNKNOWN ION AT 4-FOLD AXIS PLACED WITH 0.25 OCCUPANCY UNKNOWN (UNL): POSSIBLE BILIVERDIN REFINED WITH 0.5 OCCUPANCY FE (II) ION ( FE): THESE METAL IONS ARE REFINED WITH LOW OCCUPANCY OF 0.3 AND 0.5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN (9MG/ML) WAS CRYSTALLIZED WITH 1.6M NACL; 100MM TRIS-HCL, PH 8.0 AT ROOM TEMPERATURE

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8148
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 45901 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 31.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
AUTOMARデータ削減
AUTOMARデータスケーリング
PHENIXAUTOMR WIZARD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BKN

3bkn


解像度: 2.59→36.047 Å / SU ML: 1.31 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: FE2 MODELED WITH 0.3 OCCUPANCY RESIDUES 160-162 IN ALL CHAINS MODELED WITH 0.5 OCCUPANCY. UNKNOWN LIGAND (POSSIBLY BLV) MODELED WITH 0.5 OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1826 4.3 %
Rwork0.183 --
obs0.1849 42380 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.434 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6935 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6935 Å20 Å2
3----1.3869 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→36.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7782 0 144 170 8096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0168054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0910922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6763023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.28421470.23883128X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.73830.27611440.23663113X-RAY DIFFRACTION100
2.7383-2.82660.29711390.22613112X-RAY DIFFRACTION100
2.8266-2.92760.26521440.22053130X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.04480.25961340.21453109X-RAY DIFFRACTION100
3.0448-3.18320.25821330.21813111X-RAY DIFFRACTION100
3.1832-3.3510.24191420.2013125X-RAY DIFFRACTION100
3.351-3.56070.22341490.17543132X-RAY DIFFRACTION100
3.5607-3.83540.22281370.15313102X-RAY DIFFRACTION100
3.8354-4.22080.17711440.14523125X-RAY DIFFRACTION100
4.2208-4.83030.16931400.12833150X-RAY DIFFRACTION100
4.8303-6.0810.20311390.17313118X-RAY DIFFRACTION100
6.081-36.05080.22351340.17583099X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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