PDB-2wsu: Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wsu

タイトル

Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre

要素

PUTATIVE FIBER PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN / TANDEM-REPEAT-TYPE

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / membrane raft / virion attachment to host cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains.
著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2009年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wsu.cif.gz	520.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wsu.ent.gz	433.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wstC 2wsvC 2wt0C 2wt1C 2wt2C 1a3kS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wt1-d 2wt2-2 2wsv-d 2vrb-d 2wt0-d 5f5l-d 4elr-2 4zev-1 2wt2-1 3uoj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

C: PUTATIVE FIBER PROTEIN

D: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	167.691, 77.325, 94.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.45, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99705, 0.07336, -0.02248), (0.07521, 0.99245, -0.0969), (0.0152, -0.0983, -0.99504)	45.9929, 7.05912, 186.37505
2	given	(0.99957, -0.0128, 0.02642), (0.01307, 0.99987, -0.00992), (-0.02629, 0.01026, 0.9996)	7.3938, -19.15178, -45.50405
3	given	(-0.99817, 0.06025, -0.00542), (0.06049, 0.99529, -0.07572), (0.00083, -0.07591, -0.99711)	54.16811, -14.0609, 140.37973
4	given	(-0.99818, 0.05943, -0.01005), (0.06007, 0.99455, -0.08525), (0.00493, -0.0857, -0.99631)	54.74946, -12.79937, 140.47636
5	given	(0.99977, -0.01485, -0.01562), (0.0145, 0.99965, -0.02196), (0.01594, 0.02173, 0.99964)	11.21296, -17.72412, -46.82848
6	given	(-0.99865, 0.04733, 0.02148), (0.04579, 0.9967, -0.06708), (-0.02458, -0.066, -0.99752)	63.42914, 1.63454, 93.90726

#1: タンパク質	PUTATIVE FIBER PROTEIN 分子量: 37909.156 Da / 分子数: 4 / 断片: GALECTIN DOMAIN, RESIDUES 393-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) / Variant: NADC-1 ISOLATE / プラスミド: PET28C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83467
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 10 MM TRIS-HCL PH 8.0, 1 MM EDTA, 25% (W/V) POLY-ETHYLENE GLYCOL 3350, 500 MM SODIUM NITRATE, 2 MM SIALIC ACID

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.939
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 89027 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A3K

1a3k

解像度: 1.9→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 10.559 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25915	2124	2.4 %	THIN SHELLS
R_work	0.20642	-	-	-
obs	0.20772	86627	95.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.322 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	-1.08 Å²
2-	-	-0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9501	0	84	625	10210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.978	13537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	16272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.109	5	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.385	23.875	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.171	15	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.305	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.02	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.02	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.02	4568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.02	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.02	531
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.02	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.159	0.02	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.02	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.161	7	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.243	7	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.329	9	10050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.222	9	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.961	11	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→2.003 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	293	-
R_work	0.298	11703	-
obs	-	-	89.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.4618	-0.9805	-8.8082	1.756	-2.7626	13.3483	-0.3915	-0.8805	-1.005	-0.0452	0.0456	0.2426	0.4765	0.6441	0.3459	0.3252	-0.0214	-0.0293	0.2803	0.0742	0.3053	22.675	27.4	97.098
2	6.3412	0.1448	2.0967	4.2255	0.5186	6.0456	-0.2442	0.9906	0.3353	-0.5484	-0.0197	-0.3051	-0.1272	0.5974	0.2639	0.1039	-0.0362	0.0018	0.1823	0.0835	0.0905	40.161	36.55	87.654
3	10.0859	0.4233	1.5882	10.4105	-2.349	6.3531	-0.1371	0.1282	0.4541	-0.5618	-0.5083	0.6578	-0.3677	-0.3765	0.6454	0.204	0.1013	-0.119	0.3168	0.0174	0.509	25.492	45.183	89.381
4	5.9266	1.2695	3.1114	4.1245	1.3037	3.354	0.1383	-0.5858	0.0752	0.5154	-0.0997	-0.226	0.3332	-0.3673	-0.0386	0.1393	-0.0335	-0.0345	0.0746	0.0058	0.0349	46.821	31.006	111.4
5	21.682	-10.0538	0.9545	4.7206	-0.4043	0.072	0.1336	0.111	-0.2365	-0.0876	-0.0071	-0.0615	0.0175	-0.0003	-0.1265	0.4203	-0.0253	0.0098	0.371	-0.0914	0.5154	23.264	27.325	87.426
6	3.836	-1.0399	0.094	3.5289	-0.3726	3.6264	-0.1865	-0.5903	0.1175	0.6035	0.1322	0.1742	-0.1355	-0.1883	0.0543	0.1594	0.0407	-0.016	0.1515	-0.063	0.0887	6.588	37.991	96.01
7	7.6382	-1.7382	0.5768	16.4655	-6.2541	13.661	-0.2579	-0.0405	-0.0813	0.3809	-0.4282	-0.6006	0.1215	0.1058	0.6862	0.1214	-0.0339	-0.0342	0.2926	-0.0621	0.481	21.702	45.267	93.399
8	6.9634	-0.6583	3.8452	3.1055	-0.4703	3.6433	0.0162	0.3723	0.1289	-0.1801	-0.1058	0.0591	0.1248	0.2249	0.0896	0.0388	0.0144	-0.0011	0.0274	0.0015	0.0128	-0.894	30.484	73.12
9	20.2141	-0.116	1.2298	21.7235	-11.4937	7.1446	-0.4091	0.7233	-0.0257	-1.3493	0.5825	-0.1738	0.4076	-0.0129	-0.1734	0.3736	0.0438	0.0421	0.3381	-0.0769	0.2548	1.779	28.837	54.386
10	15.434	-1.94	-8.746	1.3496	-1.382	10.561	-0.3207	-1.0319	-0.9315	-0.147	0.1327	0.2978	0.6855	0.6039	0.1881	0.3033	0.0282	0.0511	0.2931	0.0567	0.2818	31.967	8.14	51.187
11	3.681	0.5079	-0.7274	3.4768	0.4943	4.4129	-0.0775	0.5397	0.0439	-0.5185	0.0246	-0.2489	-0.11	0.1016	0.0529	0.129	-0.0099	-0.0078	0.16	0.0577	0.1067	49.425	17.052	41.429
12	4.5949	-0.7437	0.2224	19.0152	-6.0145	2.0531	0.1143	0.0653	1.0759	-1.1389	-0.1592	1.341	0.2391	-0.2737	0.0449	0.1896	0.1989	-0.4798	1.0173	-0.7902	1.7908	34.703	25.838	43.729
13	8.3318	1.3912	5.2581	3.9375	1.3522	5.2493	0.1796	-0.3059	0.2116	0.4101	-0.1947	-0.1429	0.4163	-0.1724	0.0151	0.1082	-0.022	-0.0185	0.0188	-0.0045	0.021	56.734	11.449	65.052
14	7.3239	-6.3523	-2.6667	19.659	5.5031	10.5377	-0.2642	-0.407	0.181	0.6135	0.5821	-0.5925	-0.1215	-0.2209	-0.3179	0.1761	-0.0186	0.0451	0.2312	0.0028	0.1954	54.44	10.184	83.888
15	19.6915	-3.1606	1.588	1.0458	-2.7266	11.8655	0.1877	0.2419	-1.0108	-0.2875	0.0406	0.1356	0.9723	-0.0301	-0.2284	0.4282	-0.0888	0.0815	0.4537	-0.1402	0.4191	32.784	7.787	41.254
16	6.095	-1.5813	2.3255	4.5553	-1.0115	5.1926	-0.3874	-0.8133	0.2695	0.6388	0.2085	0.2184	-0.1964	-0.3993	0.1789	0.102	0.0592	0.0068	0.1192	-0.0498	0.0765	15.832	18.196	50.134
17	7.3974	-0.3968	0.6783	13.4772	-3.2271	13.3965	-0.1679	-0.1163	0.1858	0.5643	-0.4795	-0.3881	-0.4818	0.7015	0.6474	0.1112	-0.0448	-0.0563	0.2608	-0.0169	0.46	30.586	25.997	48.223
18	7.0505	-2.1686	4.7234	3.0691	-1.7611	5.029	0.558	0.8945	-0.2433	-0.3292	-0.3107	0.0787	0.6618	0.7893	-0.2473	0.1268	0.114	-0.0278	0.1411	-0.0455	0.0351	8.572	11.225	27.098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	386 - 391
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	392 - 525
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	526 - 543
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	544 - 685
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	386 - 391
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	392 - 525
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	526 - 543
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	544 - 685
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	686 - 691
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	386 - 391
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	392 - 525
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	526 - 543
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	544 - 685
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	686 - 691
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	386 - 391
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	392 - 525
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	526 - 543
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	544 - 684

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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