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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wsh | ||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage T4 EndoII E118A mutant | ||||||
要素 | ENDONUCLEASE II | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GIY-YIG / NUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T4 deoxyribonuclease II / degradation of host chromosome by virus / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Andersson, C.E. / Lagerback, P. / Carlson, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Endonuclease II Mutant E118A, a Tetrameric Giy-Yig Enzyme. 著者: Andersson, C.E. / Lagerback, P. / Carlson, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wsh.cif.gz | 124 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wsh.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wsh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wsh_validation.pdf.gz | 466.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wsh_full_validation.pdf.gz | 474 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wsh_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wsh_validation.cif.gz | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16914.846 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 9-144 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T4 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: P07059, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 126 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 126 TO ALA ...ENGINEERED | 配列の詳細 | THE SUBMITTED SEQUENCE IN THIS ENTRY IS 8 AMINO ACIDS SHORTER IN THE N-TERMINUS COMPARED TO OTHER ...THE SUBMITTED SEQUENCE IN THIS ENTRY IS 8 AMINO ACIDS SHORTER IN THE N-TERMINUS COMPARED TO OTHER DATABASE ENTRIES. THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN CARLSON ET AL. (1999) , MOL. MICROBIOLO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % 解説: THE STARTING MODEL USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT AS A PARTIAL MODEL OF ENDOII SOLVED PREVIOUSLY BY SAD. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20 DEGREES, USING THE METHOD MICRO-BATCH UNDER OIL. 2.5 UL PROTEIN SOLUTION (3 MG/ML) WAS MIXED USING VORTEX WITH 1.75 OR 2 UL OF CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 20 DEGREES, USING THE METHOD MICRO-BATCH UNDER OIL. 2.5 UL PROTEIN SOLUTION (3 MG/ML) WAS MIXED USING VORTEX WITH 1.75 OR 2 UL OF CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING 30% PEG 3350, 100 MM BIS-TRIS BUFFER PH 7 AND 1% (W/V) N-OCTYL-B-D- GLUCOSIDE AND IMMEDIATELY PLACED UNDER PARAFFIN OIL. THE DROPS WERE IMMEDIATELY STREAK SEEDED AND CRYSTALS GREW IN A FEW HOURS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→53.07 Å / Num. obs: 49469 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→53.042 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.809 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.042 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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