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- PDB-2wse: Improved Model of Plant Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wse
タイトルImproved Model of Plant Photosystem I
要素
  • (PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN ...) x 2
  • (PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT ...) x 9
  • (PHOTOSYSTEM I-N ...) x 2
  • AT3G54890
  • CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN P4, CHLOROPLASTIC
  • LHCA3
  • PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
  • TYPE II CHLOROPHYLL A/B BINDING PROTEIN FROM PHOTOSYSTEM I
キーワードPHOTOSYNTHESIS / ELECTRON TRANSFER / MEMBRANE PROTEINS / LARGE COMPLEXES
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid ...chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / phosphoprotein binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / molecular adaptor activity / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein fold / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll a-b binding protein like / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF ...Chlorophyll A-B binding protein fold / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll a-b binding protein like / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...sucrose / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I-N subunit / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
PISUM SATIVUM (エンドウ)
GLYCINE MAX (ダイズ)
SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)
HORDEUM VULGARE (オオムギ)
PHASEOLUS VULGARIS (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Amunts, A. / Toporik, H. / Borovikov, A. / Nelson, N.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure determination and improved model of plant photosystem I
著者: Amunts, A. / Toporik, H. / Borovikova, A. / Nelson, N.
履歴
登録2009年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.details / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12018年12月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
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改定 2.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.title
改定 2.32019年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 3.02019年9月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 4.02019年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_site / struct_site_gen
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改定 5.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
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解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: AT3G54890
2: TYPE II CHLOROPHYLL A/B BINDING PROTEIN FROM PHOTOSYSTEM I
3: LHCA3
4: CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN P4, CHLOROPLASTIC
A: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1
B: PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2
C: PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER
D: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT II, CHLOROPLASTIC
E: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT IV A, CHLOROPLASTIC
F: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT III, CHLOROPLASTIC
G: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT V, CHLOROPLASTIC
H: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT VI, CHLOROPLASTIC
I: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT VIII
J: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT IX
K: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT PSAK, CHLOROPLASTIC
L: PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT XI, CHLOROPLASTIC
N: PHOTOSYSTEM I-N SUBUNIT
R: PHOTOSYSTEM I-N SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)651,642280
ポリマ－454,17018
非ポリマー197,472262
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.655, 189.086, 129.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 1234C

#1: タンパク質 AT3G54890 / LHCA1


分子量: 26021.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9C5R7, UniProt: Q01667*PLUS
#2: タンパク質 TYPE II CHLOROPHYLL A/B BINDING PROTEIN FROM PHOTOSYSTEM I / LHCA2


分子量: 28926.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: Q41038
#3: タンパク質 LHCA3


分子量: 29852.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GLYCINE MAX (ダイズ) / 参照: UniProt: C6TEX2*PLUS
#4: タンパク質 CHLOROPHYLL A-B BINDING PROTEIN P4, CHLOROPLASTIC / LHCI TYPE III CAB-P4 LHCA4


分子量: 27181.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9SQL2
#7: タンパク質 PHOTOSYSTEM I IRON-SULFUR CENTER / PSAC / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT VII / 9 KDA POLYPEPTIDE / PSI-C


分子量: 8991.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: P10793

-
PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A1 / PSAA / PSI-A


分子量: 84284.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: P05310
#6: タンパク質 PHOTOSYSTEM I P700 CHLOROPHYLL A APOPROTEIN A2 / PSAB / PSI-B


分子量: 82490.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: P05311

-
PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT ... , 9種, 9分子 DEFGHIJKL

#8: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT II, CHLOROPLASTIC / PSAD / PHOTOSYSTEM I 20 KDA SUBUNIT / PSI-D


分子量: 23170.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12353
#9: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT IV A, CHLOROPLASTIC / PSAE / PSI-E A


分子量: 14984.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S831
#10: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT III, CHLOROPLASTIC / PSAF / LIGHT-HARVESTING COMPLEX I 17 KDA PROTEIN / PSI-F


分子量: 25445.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12355
#11: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT V, CHLOROPLASTIC / PSAG / PSI-G / PHOTOSYSTEM I 9 KDA PROTEIN


分子量: 18232.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12357
#12: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT VI, CHLOROPLASTIC / PSAH / PSI-H / LIGHT-HARVESTING COMPLEX I 11 KDA PROTEIN


分子量: 15341.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P22179
#13: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT VIII / PSAI / PSI-I


分子量: 4474.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: P17227
#14: タンパク質・ペプチド PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT IX / PSAJ / PSI-J


分子量: 5079.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17230
#15: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT PSAK, CHLOROPLASTIC / PSAK / PHOTOSYSTEM I SUBUNIT X / PSI-K / LIGHT-HARVESTING COMPLEX I 7 KDA PROTEIN


分子量: 13742.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HORDEUM VULGARE (オオムギ) / 参照: UniProt: P36886
#16: タンパク質 PHOTOSYSTEM I REACTION CENTER SUBUNIT XI, CHLOROPLASTIC / PSAL / PSI-L / PSI SUBUNIT V


分子量: 22957.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41385

-
PHOTOSYSTEM I-N ... , 2種, 2分子 NR

#17: タンパク質 PHOTOSYSTEM I-N SUBUNIT / PSAN / PSI-N


分子量: 18460.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PHASEOLUS VULGARIS (インゲン) / 参照: UniProt: Q84U30
#18: タンパク質 PHOTOSYSTEM I-N SUBUNIT


分子量: 4528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ)

-
糖 , 2種, 64分子

#19: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#21: 糖...
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 198分子

#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#22: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#23: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#24: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#25: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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詳細

配列の詳細SQUENCE MAPPING FOR CHAIN 3 MATCHES GB ACU20374

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22.5 MM MES, BIS-TRIS PH 6, 10MM SUCCINIC ACID, 6% PEG6000, 0.015% DTM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 76867 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.49→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.731 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.749 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37513 1333 2 %RANDOM
Rwork0.36911 ---
obs0.36924 65482 91.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å2-1.19 Å2
2---7.28 Å20 Å2
3---8.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24820 0 11641 0 36461
LS精密化 シェル解像度: 3.487→3.576 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 52 -
Rwork0.452 2514 -
obs--47.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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