PDB-2wqv: Internalin domain of Listeria monocytogenes InlB: rhombohedral cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wqv

タイトル

Internalin domain of Listeria monocytogenes InlB: rhombohedral crystal form

要素

INTERNALIN B

キーワード

CELL INVASION / HGF RECEPTOR LIGAND / LEUCINE-RICH REPEAT / LRR / C-MET LIGAND / VIRULENCE FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / peptidoglycan-based cell wall / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Niemann, H.H. / Heinz, D.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Ligand-Mediated Dimerization of the met Receptor Tyrosine Kinase by the Bacterial Invasion Protein Inlb.
著者: Ferraris, D.M. / Gherardi, E. / Di, Y. / Heinz, D.W. / Niemann, H.H.

履歴

登録	2009年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2wqv.ent.gz	97.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wqv_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wqv_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	2wqv_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	2wqv_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wquC 2wqwC 2wqxC 1h6tS 1d0b 1m9s 1otm 1otn 1oto 2uzx 2uzy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wqu-2 2wqu-1 1all-d 2wqx-2 5h28-d 2wqu-4 2wqx-1 4rmp-d 3m05-2 6jsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: INTERNALIN B

B: INTERNALIN B

ヘテロ分子

65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INTERNALIN B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INTERNALIN B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.900, 185.900, 115.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	A
1	3	B
2	3	A
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	B	36 - 243
2	1	1	1	A	36 - 243
1	1	2	1	B	254 - 273
2	1	2	1	A	254 - 273
1	1	3	1	B	279 - 285
2	1	3	1	A	279 - 285
1	1	4	1	A	294 - 318
2	1	4	1	B	294 - 318

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.52031, 0.85386, 0.01367), (-0.85373, 0.52048, -0.01568), (-0.0205, -0.00352, 0.99978)
ベクター: 0.03024, 0.91133, -0.50046)

#1: タンパク質	INTERNALIN B 分子量: 32243.818 Da / 分子数: 2 / 断片: INTERNALIN DOMAIN, RESIDUES 36-321 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア) 株: EGD-E / プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE 33-35 (GAM) REMAIN AFTER TEV CLEAVAGE OF GST- FUSION PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: SITTING VAPOR DIFFUSION AT 293 K. 200 NL PROTEIN PLUS 100 NL OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M NACL, 0.1 M CHES PH 9.5, 40% PEG300. THE PROTEIN WAS ACTUALLY A COMPLEX OF MET741 WITH ...詳細: SITTING VAPOR DIFFUSION AT 293 K. 200 NL PROTEIN PLUS 100 NL OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M NACL, 0.1 M CHES PH 9.5, 40% PEG300. THE PROTEIN WAS ACTUALLY A COMPLEX OF MET741 WITH INLB321 AT 5 MG/ML, I.E. INLB321 WAS AT 1.4 MG/ML. CRYSTAL GROWTH TIME: SEVERAL WEEKS TO MONTHS.

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: SITTING VAPOR DIFFUSION AT 293 K. 200 NL PROTEIN PLUS 100 NL OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M NACL, 0.1 M CHES PH 9.5, 40% PEG300. THE PROTEIN WAS ACTUALLY A COMPLEX OF MET741 WITH ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 18763 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.96 % / B_iso Wilson estimate: 45.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.98
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 7.08 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H6T

1h6t

解像度: 2.8→19.822 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 24.703 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTOR

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	941	5.05 %	RANDOM
R_work	0.2033	-	-	-
obs	0.205	18762	99.692 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.278 Å²	1.139 Å²	0 Å²
2-	-	2.278 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4436	0	66	31	4533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.072	1.994	6189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.979	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.594		192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.609		858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.99	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185		3188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.334	1.5	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.387	2	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.771	3	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.11	4.5	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	2705	tight positional	0.02	0.05
1	2	A	2705	tight positional	0.02	0.05
2	1	B	234	tight positional	0.02	0.05
2	2	A	234	tight positional	0.02	0.05
3	1	B	113	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	113	tight positional	0.01	0.05
4	1	A	354	tight positional	0.02	0.05
4	2	B	354	tight positional	0.02	0.05
1	1	B	2705	tight thermal	0.03	0.5
1	2	A	2705	tight thermal	0.03	0.5
2	1	B	234	tight thermal	0.03	0.5
2	2	A	234	tight thermal	0.03	0.5
3	1	B	113	tight thermal	0.03	0.5
3	2	A	113	tight thermal	0.03	0.5
4	1	A	354	tight thermal	0.03	0.5
4	2	B	354	tight thermal	0.03	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	69	-
R_work	0.294	1287	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4088	1.5003	0.3544	4.6008	0.5305	3.769	-0.233	0.385	-0.0222	-0.5181	0.1505	-0.0167	-0.0358	-0.1252	0.0824	0.1452	-0.0112	-0.0452	0.253	-0.0008	0.1385	-20.824	16.041	14.792
2	1.3932	0.2639	1.195	2.0771	0.7029	3.703	-0.1116	0.2064	0.0361	-0.2096	-0.0143	0.061	-0.1772	-0.1735	0.1259	0.0515	0.0434	0.0146	0.0898	0.0002	0.1158	-17.22	25.974	40.275
3	1.1965	0.9573	0.637	7.4779	-1.6735	3.8701	-0.1194	-0.1409	0.3934	0.0885	0.0257	0.8181	-0.766	-0.2959	0.0938	0.4433	0.0282	-0.0534	0.1715	-0.0614	0.3545	-11.584	50.743	54.841
4	2.0857	0.1529	0.5767	7.4359	0.1913	1.76	-0.1909	-0.0296	0.7861	-0.0591	0.0714	-0.3642	-0.5768	0.0591	0.1195	0.35	0.0289	-0.0911	0.1184	-0.0128	0.2775	-7.23	48.359	52.889
5	2.5002	-1.5276	-1.3011	3.4075	1.3982	4.8776	0.064	0.2596	-0.0778	-0.4706	-0.042	-0.0483	0.0511	0.0353	-0.0221	0.1545	-0.0282	-0.0045	0.1947	-0.0003	0.1064	-24.178	-9.911	14.769
6	1.2264	-0.0858	-0.1548	1.8008	1.3037	4.1768	-0.0359	0.1682	-0.0213	-0.1431	-0.0517	0.0673	0.1268	-0.185	0.0875	0.0101	-0.0242	-0.0034	0.0866	0.0145	0.1124	-31.149	-1.87	40.219
7	7.3563	-3.6914	0.0755	3.6104	0.0485	2.1424	-0.1263	0.1167	-0.4227	-0.0609	0.0149	0.4504	-0.2087	-0.5908	0.1115	0.1568	0.0746	0.0434	0.317	-0.043	0.2659	-49.775	17.213	55.12
8	7.6324	-4.0759	-1.118	2.58	0.4098	2.5753	0.0611	0.3476	0.2327	-0.1049	-0.1954	0.2153	-0.2513	-0.6183	0.1344	0.1307	0.0384	0.0102	0.2606	-0.1067	0.1954	-46.495	18	50.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	116 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 274
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	275 - 320
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	37 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	116 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	241 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	281 - 320

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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